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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何blast比对及建树？
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jjwl_rscn

金虫 (正式写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
走过路过不要错过
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21楼2011-03-19 15:13:31
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yuqing_happy

木虫 (正式写手)
★
greatsaint(金币+1):谢谢参与
PHYLIP也可以构建进化树
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22楼2011-03-19 15:30:22
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391579557

木虫 (正式写手)
学习学习，好！
回复此楼
求实，所以来小木虫！
23楼2012-04-28 20:20:39
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Tiramisu023

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大家好，我也有个问题，想请问大家。导师想用GenBank上已有的序列来做物种识别（barcoding），所以他就让我把两栖动物所有的12s, 16s, co1下下来，然后每个科的序列放在一起，通过建进化树的方法来确定物种。那么多序列一个个下载，工作量也太大了吧。所以我的疑问是，通过NCBI的BLAST 检索到相似性最高的序列，比如相似度很高，但是如果这个物种一不小心是个新物种嘞？ BLAST的检索结果，又如何确定该序列是一个新物种，还是就是得分最高的那个物种呢？？ BLAST里面没有简单的建立进化树的功能麽？
大家有没有什么好的方法或者建议呢？ 哪怕减少一点点工作量也是可以的，谢谢各位了
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24楼2015-10-29 17:52:25
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