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greatsaint银虫 (小有名气)
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【求助/交流】如何blast比对及建树？ 已有4人参与
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| 如何将十几二十个DNA序列进行blast比对，比对后又如何构建进化树？ |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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大家好，我也有个问题，想请问大家。导师想用GenBank上已有的序列来做物种识别（barcoding），所以他就让我把两栖动物所有的12s, 16s, co1下下来，然后每个科的序列放在一起，通过建进化树的方法来确定物种。那么多序列一个个下载，工作量也太大了吧。所以我的疑问是，通过NCBI的BLAST 检索到相似性最高的序列，比如相似度很高，但是如果这个物种一不小心是个新物种嘞？ BLAST的检索结果，又如何确定该序列是一个新物种，还是就是得分最高的那个物种呢？？ BLAST里面没有简单的建立进化树的功能麽？ 大家有没有什么好的方法或者建议呢？ 哪怕减少一点点工作量也是可以的，谢谢各位了 |
24楼2015-10-29 17:52:25