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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！
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liuhan0222

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！

通过DGGE分离到6条带，进行克隆测序，目的是要鉴定病原菌，即要知道这6条带对应的是什么菌，BLAST比对后，分别建树找出了亲缘关系最近的一种菌，但是若将6条带与其对应的序列一起建树，结果差异很大，其中几个条带单独聚在一起，与其相似序列相差很远，这是为什么啊？看了很多资料还是没弄明白，这是第一次建树，很没经验，很头疼！！！急切等待高手指点！！！
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1楼 2010-08-15 12:45:38
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
liuhan0222(金币+1): 2010-08-18 14:49:08
你这6个序列blast后，与其亲缘关系最近的序列一致度有多高？
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2楼2010-08-15 16:41:53
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liuhan0222

新虫 (初入文坛)

谢谢~

你好，几乎都是100%，也有99%
麻烦你好好指导一下吧，我真的不知道该怎么办了，就因为这个结果耽误了好多事情，现在急于发文章！非常感谢！
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3楼2010-08-18 14:53:00
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
看看你的序列是不是为反向序列。
用它的反向互补序列弄一下啊
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4楼2010-08-18 15:50:30
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
我猜，你没有把序列弄成一样长，所有会出现与最近的反而聚不到一起的状况……
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5楼2010-08-18 15:51:08
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yuanbo934

至尊木虫 (职业作家)
liuhan0222(金币+1): 2010-08-20 16:51:46
需要其他属或种得标准序列即外源序列，必学一样长，在clustal x比对后，用phylip 建树，用dotur分析看他们的距离。
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6楼2010-08-18 16:57:32
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lxb456900

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想做16s，感觉qiime这个软件，再加些R包的可视化,非常好。在掏宝搜索“16s测序分析”，有个视频不错，从linux安装一直到查找OTU,热图，venn图，alpha分析，beta分析，构建系统树，系统树可视化。这里面完全可以解决你烦恼
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7楼2015-08-28 11:24:53
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