24小时热门版块排行榜    

查看: 2470  |  回复: 9

vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 关于怎样建立基因文库,并通过文库建系统发育树

我的问题,用污泥驯化富集可以降解某种特定污染物的混合菌,现在要分析微生物菌落结构。想通过建立基因文库。来建立系统发育树。原来的方法是做DGGE,再进行克隆,测序。发现大量外文文献里,很少做DGGE,普遍方法是,做完PCR后,就纯化,克隆,测序,不过测序量十分大。我是个初学者,希望大家能提供详细的过程。另外大家能评价下,DGGE后的克隆测序做系统发育树和直接PCR后克隆测序用啥区别?当然引物用一样的。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)

顶顶把
2楼2011-06-11 13:40:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wozha

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同问,利用
RFLP是否更好些
3楼2011-06-13 15:35:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)

我在顶顶。
4楼2011-06-13 20:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

vs570588(金币+2): 谢谢你 2011-06-14 22:13:44
vs570588(金币+1): 谢谢你了 2011-06-21 16:00:56
vs570588(金币+2): 2011-08-19 21:16:59
简单地说,DGGE灵敏度比较低,只能检测到群落中占优势的菌群,克隆建库灵敏度相对较高,打个比方,你用DGGE仅检测到10种菌,而克隆建库可能检测到100种菌.克隆建库的具体方法,你可以下载几篇做微生物群落结构和多样性的毕业论文看看,不再详述。
5楼2011-06-14 20:51:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也想做这方面的内容
6楼2011-06-14 23:48:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-12-02 10:10:59
引用回帖:
Originally posted by 小木木木虫 at 2011-06-14 23:48:55:
我也想做这方面的内容

刚才点错键直接发送了
但我做的是DGGE
想问下LZ为什么不用DGGE了呢
难道有什么缺陷吗
7楼2011-06-14 23:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 小木木木虫 at 2011-06-14 23:49:48:
刚才点错键直接发送了
但我做的是DGGE
想问下LZ为什么不用DGGE了呢
难道有什么缺陷吗

DGGE可以观察到微生物群落多样性,以及演变过程。当然,这种演变也就是群落中里的优势菌。并且片段长度只能为500bp之下。假如我的目的是要建立系统发育树的话,有时候短片段的就没有办法在GENBANK中找到相似度很高的已知菌。这只是我的拙见。
8楼2011-06-15 12:36:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫,加油哦 2011-12-02 10:11:14
我也做这方面的。自己的理解是:真接用pcr产物构建克隆文库,需要大量随机挑取单克隆,至少50个。DGGE当目的基因500以上分离较果就很不好了。但如果用DGGE分好条带后再建克隆文库,可以节省一些工作量?RFLP没作过,如果原理是和T-RFLP相同,那么大概不能在GENEBANK中检索相近序列吧。新手拙见,请批评指正。
要学会生物统计
9楼2011-12-02 00:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangjingwjs

新虫 (小有名气)

请问楼主,我已经提取了土壤微生物组织的DNA,如何构建文库呢?
10楼2015-11-02 22:57:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员BmWXvC 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 人气不行了 +10 fansofjerry 2026-08-21 10/500 2026-08-24 21:03 by zhanghaozhu
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +6 scalable 2026-08-24 6/300 2026-08-24 20:28 by 苦寒来香
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见