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vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树

我的问题，用污泥驯化富集可以降解某种特定污染物的混合菌，现在要分析微生物菌落结构。想通过建立基因文库。来建立系统发育树。原来的方法是做DGGE,再进行克隆，测序。发现大量外文文献里，很少做DGGE,普遍方法是，做完PCR后，就纯化，克隆，测序，不过测序量十分大。我是个初学者，希望大家能提供详细的过程。另外大家能评价下，DGGE后的克隆测序做系统发育树和直接PCR后克隆测序用啥区别？当然引物用一样的。
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1楼 2011-06-10 16:17:17
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vs570588

木虫 (正式写手)
顶顶把
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2楼2011-06-11 13:40:33
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wozha

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同问，利用
RFLP是否更好些
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3楼2011-06-13 15:35:29
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vs570588

木虫 (正式写手)
我在顶顶。
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4楼2011-06-13 20:35:01
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amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

vs570588(金币+2): 谢谢你 2011-06-14 22:13:44
vs570588(金币+1): 谢谢你了 2011-06-21 16:00:56
vs570588(金币+2): 2011-08-19 21:16:59
简单地说，DGGE灵敏度比较低，只能检测到群落中占优势的菌群，克隆建库灵敏度相对较高，打个比方，你用DGGE仅检测到10种菌，而克隆建库可能检测到100种菌.克隆建库的具体方法，你可以下载几篇做微生物群落结构和多样性的毕业论文看看，不再详述。
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5楼2011-06-14 20:51:20
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小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也想做这方面的内容
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6楼2011-06-14 23:48:55
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小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-12-02 10:10:59
引用回帖:
Originally posted by 小木木木虫 at 2011-06-14 23:48:55:
我也想做这方面的内容

刚才点错键直接发送了
但我做的是DGGE
想问下LZ为什么不用DGGE了呢
难道有什么缺陷吗
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7楼2011-06-14 23:49:48
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vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 小木木木虫 at 2011-06-14 23:49:48:
刚才点错键直接发送了
但我做的是DGGE
想问下LZ为什么不用DGGE了呢
难道有什么缺陷吗

DGGE可以观察到微生物群落多样性，以及演变过程。当然，这种演变也就是群落中里的优势菌。并且片段长度只能为500bp之下。假如我的目的是要建立系统发育树的话，有时候短片段的就没有办法在GENBANK中找到相似度很高的已知菌。这只是我的拙见。
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8楼2011-06-15 12:36:47
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫，加油哦 2011-12-02 10:11:14
我也做这方面的。自己的理解是：真接用pcr产物构建克隆文库，需要大量随机挑取单克隆，至少50个。DGGE当目的基因500以上分离较果就很不好了。但如果用DGGE分好条带后再建克隆文库，可以节省一些工作量？RFLP没作过，如果原理是和T-RFLP相同，那么大概不能在GENEBANK中检索相近序列吧。新手拙见，请批评指正。
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要学会生物统计
9楼2011-12-02 00:09:16
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zhangjingwjs

新虫 (小有名气)
请问楼主，我已经提取了土壤微生物组织的ＤＮＡ，如何构建文库呢？
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10楼2015-11-02 22:57:41
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