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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 基因组文库-----genomic library
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 基因组文库-----genomic library

比较低级的问题，求助！
一个实验室有了土壤样品的metagenomic library，那么：
1，这个library是怎么保存起来的？以菌落形式还是液体形式还是其他？
2，从土壤提出来的DNA fragment 都已经ligated with vector 并transformed into host bacteria了是么？
3，如果我从这个library 中screen a certain gene of interest，该怎么做？前提是只知道这个基因的function，其DNA sequence and other genetic information is unknown.
如果library 是以菌落形式保存的话，我能否将这些含有各种DNA fragment 的single colony 挑取（并可以扩大培养），接种到 functional screening medium 上进行筛选？
可能思路有些混乱。请各位朋友指点。谢谢
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向钱看，向厚赚
1楼 2011-11-15 11:43:35
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
懒蛋(金币+10): jingpeng 同学，回答非常详细，加十分呵呵~~~谢谢。拜你为师了~~~ 2011-11-15 20:56:15
zhang8826857(金币+2, MicEPI+1): good 2011-11-16 08:40:42
引用回帖:
1楼: Originally posted by 懒蛋 at 2011-11-15 11:43:35:
比较低级的问题，求助！
一个实验室有了土壤样品的metagenomic library，那么：
1，这个library是怎么保存起来的？以菌落形式还是液体形式还是其他？
2，从土壤提出来的DNA fragment 都已经ligated with vecto ...

你可问对人了，我就是专门做这一块的，自己提宏基因组DNA，构建宏基因组文库，在用宏基因组文库筛选功能基因。
     1,2问题一起回答：提取出来的DNA片段跟噬菌体载体连接，然后蛋白包装成噬菌体，带有外源插入片段的噬菌体侵染宿主菌，这样就是一个宿主菌携带一个外源基因的噬菌体，N多这样的菌就形成了一个库，所以这个库里就含有各种各样的外源DNA。你保存库可以选择单克隆保存（一个一个克隆挑下来，菌在LB里摇起来在加甘油保存，工作量极大，不太推荐），也可以选择池保存（一块板上的菌全洗下来在一起，加些LB液体摇匀后再加甘油进去保存，就是一个池），我们都是采用池保存的，一个库一般是50管至100管（一个池一管）。
    问题3：你采用的应该是基于功能筛选，你要的这个基因具有什么特征，比如脂肪酶可水解三丁酸甘油酯，那我们可在筛选平板上添加乳化的三丁酸甘油酯做筛选底物，将每个池的菌分别涂布一块有底物的平板，里面含有脂肪酶基因的克隆就会产生出水解三丁酸甘油酯的透明圈，那么你就很容易拿到你的功能基因克隆了；另外你也可以采用筛选底物作为唯一碳源来筛选。
     啰嗦这么多应该将清楚 了吧，
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人生百态原为海，看破红尘方为岸！
9楼2011-11-15 18:55:33
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)
沙发
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向钱看，向厚赚
2楼2011-11-15 11:57:37
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)
板凳也自己占了吧
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向钱看，向厚赚
3楼2011-11-15 11:57:56
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)
还是没人，算了。地板砖也抢了
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向钱看，向厚赚
4楼2011-11-15 11:58:24
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)
土行孙了晕~~~
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向钱看，向厚赚
5楼2011-11-15 11:59:00
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
1楼: Originally posted by 懒蛋 at 2011-11-15 11:43:35:
比较低级的问题，求助！
一个实验室有了土壤样品的metagenomic library，那么：
1，这个library是怎么保存起来的？以菌落形式还是液体形式还是其他？
2，从土壤提出来的DNA fragment 都已经ligated with vecto ...

你的 问题不低级
对于没有做过这方的来说，偶看不懂你在说什么
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小木虫之有关部门负责人
6楼2011-11-15 12:47:48
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by scelab at 2011-11-15 12:47:48:
你的 问题不低级
对于没有做过这方的来说，偶看不懂你在说什么

版主，救命啊，一个大幅都没有~~~~
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向钱看，向厚赚
7楼2011-11-15 12:56:45
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pcl-bunny

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫 2011-11-15 14:03:44
楼主您好，看到您的帖子是关于土壤DNA基因组文库，我们实验室就是做这一块的，所以想就此谈谈我的看法：
1>保存方式：一般菌液保存于96孔板，或保藏管。
2>因为基因组过大不易保存，一般用DNA片段经酶连、导入感受态细胞保存。
3>对于有价值的基因，已知其功能，可基于其功能进行筛选：挑取单克隆子，接于相关筛选平板。
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懒蛋
NOPAIN,NOGAIN!
8楼2011-11-15 13:40:25
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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)
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引用回帖:
8楼: Originally posted by pcl-bunny at 2011-11-15 13:40:25:
楼主您好，看到您的帖子是关于土壤DNA基因组文库，我们实验室就是做这一块的，所以想就此谈谈我的看法：
1>保存方式：一般菌液保存于96孔板，或保藏管。
2>因为基因组过大不易保存，一般用DNA片段经酶连、 ...

牛牛们终于出现了哈！！！谢谢啦~~~
96孔板是什么呵呵？再请教！
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向钱看，向厚赚
10楼2011-11-15 20:53:48
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