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懒蛋

铁杆木虫 (著名写手)

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[求助] 基因组文库-----genomic library

比较低级的问题，求助！
一个实验室有了土壤样品的metagenomic library，那么：
1，这个library是怎么保存起来的？以菌落形式还是液体形式还是其他？
2，从土壤提出来的DNA fragment 都已经ligated with vector 并transformed into host bacteria了是么？
3，如果我从这个library 中screen a certain gene of interest，该怎么做？前提是只知道这个基因的function，其DNA sequence and other genetic information is unknown.
如果library 是以菌落形式保存的话，我能否将这些含有各种DNA fragment 的single colony 挑取（并可以扩大培养），接种到 functional screening medium 上进行筛选？
可能思路有些混乱。请各位朋友指点。谢谢

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向钱看，向厚赚

1楼 2011-11-15 11:43:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★
懒蛋(金币+10): jingpeng 同学，回答非常详细，加十分呵呵~~~谢谢。拜你为师了~~~ 2011-11-15 20:56:15
zhang8826857(金币+2, MicEPI+1): good 2011-11-16 08:40:42

引用回帖:

1楼: Originally posted by 懒蛋 at 2011-11-15 11:43:35:
比较低级的问题，求助！
一个实验室有了土壤样品的metagenomic library，那么：
1，这个library是怎么保存起来的？以菌落形式还是液体形式还是其他？
2，从土壤提出来的DNA fragment 都已经ligated with vecto ...

你可问对人了，我就是专门做这一块的，自己提宏基因组DNA，构建宏基因组文库，在用宏基因组文库筛选功能基因。
1,2问题一起回答：提取出来的DNA片段跟噬菌体载体连接，然后蛋白包装成噬菌体，带有外源插入片段的噬菌体侵染宿主菌，这样就是一个宿主菌携带一个外源基因的噬菌体，N多这样的菌就形成了一个库，所以这个库里就含有各种各样的外源DNA。你保存库可以选择单克隆保存（一个一个克隆挑下来，菌在LB里摇起来在加甘油保存，工作量极大，不太推荐），也可以选择池保存（一块板上的菌全洗下来在一起，加些LB液体摇匀后再加甘油进去保存，就是一个池），我们都是采用池保存的，一个库一般是50管至100管（一个池一管）。
问题3：你采用的应该是基于功能筛选，你要的这个基因具有什么特征，比如脂肪酶可水解三丁酸甘油酯，那我们可在筛选平板上添加乳化的三丁酸甘油酯做筛选底物，将每个池的菌分别涂布一块有底物的平板，里面含有脂肪酶基因的克隆就会产生出水解三丁酸甘油酯的透明圈，那么你就很容易拿到你的功能基因克隆了；另外你也可以采用筛选底物作为唯一碳源来筛选。
啰嗦这么多应该将清楚了吧，