[交流] 【求助/交流】【求助】细菌未知功能基因的克隆方法

Originally posted by zhuifeng7000 at 2010-12-13 11:48:59:
看B->C是由什么酶催化的，然后到与你的菌株亲缘比较近的基因组测过序的菌株中查找这个酶的编码基因，然后再通过这个基因设定兼并因为在你的菌株中PCR扩增，可能会得到这个基因。

Originally posted by 香菱儿 at 2010-12-13 20:53:28:
Subtractive hybridization, or Microarray

Originally posted by 未曾走过的路 at 2010-12-13 11:20:48:
各位达人，请教问题如下：

化合物A在WT菌株中的代谢途径是A->B->C.
在化学诱变株Mut中B->C的相关gene被阻断，有可能是调节gene，也有可能是功能gene。

其中化合物ABC已知，但只有A能买得到。
A- ...

Originally posted by brightfuture01 at 2010-12-13 21:43:56:



这个和底物的检测手段有很大关系，如果底物能通过简单的分光光度计方法来分析，那是在上面各位提到的简单的方法不行，可以用genome library的手段筛数千个克隆的粘粒库来实现。技术上不存在什么困难，可能花 ...

Originally posted by 未曾走过的路 at 2010-12-13 21:55:15:

如果底物能通过简单的分光光度计方法来分析，那是在上面各位提到的简单的方法不行------这句怎么理解呢，我的底物ABC都可以用紫外检测到，那上面的方法行还是不行呢？
genome library，粘粒库，是做DNA的库吗？ ...

Originally posted by brightfuture01 at 2010-12-13 22:02:56:



打错了，我是说上面几位提到的方法比较简单，但是如果这些方法不奏效的话，采用genome library的方法也不失为一种有效可行的方法。
...

Originally posted by 未曾走过的路 at 2010-12-13 22:10:45:

UV检测的时候ABC的最大吸收波长和峰型都不一样，但是可惜没有颜色。不过加显色剂的使之发色还没试过，以后可以试试。BC仅仅是一个羟基的差别，可能会有相同的反应
建库的方法，理论上可行。只是可能没有那么 ...

Originally posted by brightfuture01 at 2010-12-13 22:27:06:
参考文献给你，呵呵。有专门建库的试剂盒，不过比较昂贵，其实建那么小的一个库用不着这样的kit。自己找一个粘粒载体就OK了。

这个是我当初做宏基因组文库的时候参考过的一个nature protocol，建库的过程很详细 ...

Originally posted by scelab at 2010-12-13 21:14:49:
请教

这两种方法是否是基于已知的genome全序列，或者部分DNA序列作为探针呢？

Subtractive hybridization，对于染色体DNA，如果突变株仅仅是失活，没有表达而已，而不是DNA缺失，这种情况怎么理解呢？
Mic ...

Originally posted by 香菱儿 at 2010-12-14 12:45:21:

1. Subtractive hybridization is a method to detect the differentially expressed gene(s) rather than the genomic DNA sequence insertion or deletion.  
I haven't carried out this technique, so I d ...