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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】【求助】细菌未知功能基因的克隆方法
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未曾走过的路

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】【求助】细菌未知功能基因的克隆方法

各位达人，请教问题如下：

化合物A在WT菌株中的代谢途径是A->B->C.
在化学诱变株Mut中B->C的相关gene被阻断，有可能是调节gene，也有可能是功能gene。

其中化合物ABC已知，但只有A能买得到。
A->B的gene已知，B->C的功能gene未知。
WT菌株基因组未测序~（貌似花钱比较多）

请问有什么好的方法，克隆B-C的功能gene呢？
方法原理是什么？实验难度如何？可行性有多高？经费需求多少？

小弟金币不多，倾情奉献~
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1楼2010-12-13 11:20:48
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-13 21:48:59
未曾走过的路(金币+3):谢谢你 2010-12-13 21:49:22
引用回帖:
Originally posted by 未曾走过的路 at 2010-12-13 11:20:48:
各位达人，请教问题如下：

化合物A在WT菌株中的代谢途径是A->B->C.
在化学诱变株Mut中B->C的相关gene被阻断，有可能是调节gene，也有可能是功能gene。

其中化合物ABC已知，但只有A能买得到。
A- ...

这个和底物的检测手段有很大关系，如果底物能通过简单的分光光度计方法来分析，那是在上面各位提到的简单的方法不行，可以用genome library的手段筛数千个克隆的粘粒库来实现。技术上不存在什么困难，可能花时间会多一点。

花钱的话估计1-2W左右。
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6楼2010-12-13 21:43:56
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
看天(金币+1):鼓励回答 2010-12-13 12:22:31
scelab(金币+3):谢谢交流~ 2010-12-13 12:23:35
未曾走过的路(金币+1):谢谢你 2010-12-13 20:35:57
看B->C是由什么酶催化的，然后到与你的菌株亲缘比较近的基因组测过序的菌株中查找这个酶的编码基因，然后再通过这个基因设定兼并因为在你的菌株中PCR扩增，可能会得到这个基因。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-13 11:48:59
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未曾走过的路

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by zhuifeng7000 at 2010-12-13 11:48:59:
看B->C是由什么酶催化的，然后到与你的菌株亲缘比较近的基因组测过序的菌株中查找这个酶的编码基因，然后再通过这个基因设定兼并因为在你的菌株中PCR扩增，可能会得到这个基因。

这个酶是加羟基的，但是已知的基因组肯定没有这个，用同种的已知基因组的菌无法代谢A和B。
这个基因可能是新的，未知的
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3楼2010-12-13 20:38:24
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
scelab(金币+2):谢谢交流 2010-12-13 21:15:08
Subtractive hybridization, or Microarray
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4楼2010-12-13 20:53:28
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