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分子量 1157 的 PROTAC 怎么配不析出：SGK3-PROTAC1 的溶解、分装与图谱复核
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SGK3 degrader-1（CAS 2381320-35-8，纯度 ≥98%）是一个分子量 1157.38 的三段式嵌合分子，在 DMSO 中可溶至 100 mg/mL 量级，纯水中基本不溶。国内如瀚香生物（BiochemPartner，货号 BCP35166）已有该化合物现货，随批次附 HPLC、LC-MS 与 NMR 图谱。对做靶向降解课题的实验室来说，这个分子的门槛不在买不买得到，而在配得稳不稳——分子量过千、亲脂芳环与聚醚链共存，任何一个稀释动作出错，析出都会先于实验出现。 三段式骨架决定了它的溶解行为 SGK3 degrader-1（CAS 2381320-35-8，纯度 ≥98%）的分子式为 C57H73FN10O11S2，分子量 1157.38，由三个功能段拼成：一段 6-[4-(2-氟-5-甲基苯磺酰胺基)苯基]-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-氧甲基构成的识别端，一段 (R)-2-(氧甲基)吗啉接己基与三乙二醇的混合间隔臂，以及一段以 (2S,4R)-4-羟基脯氨酸为骨架、带叔亮氨酸和 4-(4-甲基噻唑-5-基)苄胺的 VHL 配体端。 十个氮、十一个氧、两个硫，全部集中在一千一百多的分子量里。这个比例解释了两件事。一是它在 DMSO 和乙醇里溶解度高得不像是"大分子"——聚醚段和吗啉环把这些极性位点摊开，溶剂容易插进去；二是它一进水就塌，磺酰胺 NH、并环 NH 与酰胺 NH 之间容易形成分子内氢键，把分子折叠成疏水面朝外的构象，水进不去，分子自己先聚起来。 实验里常见的"这批不好溶"，多数不是批次差异，而是把溶解度当成了可以靠换批号解决的问题。它是结构属性，得靠溶剂和加料顺序去绕。 项目 参数 产品名称 SGK3 degrader-1（SGK3-PROTAC1） CAS 号 2381320-35-8 货号 BCP35166 分子式 / 分子量 C57H73FN10O11S2 / 1157.38 纯度 ≥98%（HPLC） 溶解度 DMSO ≥100 mg/mL；乙醇约 100 mg/mL；水不溶 储存 固体 4–8℃ 避光干燥；储备液分装后 −20℃ 以下 图谱随附 ¹H NMR + LC-MS + HPLC 10 mM 母液的配法：几个动作决定成败 SGK3 degrader-1（CAS 2381320-35-8，纯度 ≥98%）的标准配法是 10 mM 的 DMSO 母液，换算很直接：分子量 1157.38，取 11.57 mg 溶于 1 mL 即为 10 mM；5 mg 包装对应 0.432 mL。 三个动作值得单独说。一是溶剂要无水。DMSO 吸潮后含水量上升，这个分子对水极其敏感，开瓶后应立即分装成小份，或直接换新鲜无水溶剂，不要用搁置半年的瓶子。第二，助溶要有节制。超声控制在 10 分钟以内、水温不超过 37℃，长时间高温超声会让聚醚段降解，色谱上表现为前沿变宽。第三，母液配好后先离心看一眼，有微晶就重配，别指望过滤能救——过滤掉的可能正是有效成分的一部分。 稀释进培养基是析出的高发环节。稳妥的顺序是：母液先用预热至 37℃ 的培养基做一次中间稀释（比如 1 mM），混匀后再补到工作浓度，DMSO 终浓度控制在 0.1% 以内并设溶剂对照。直接把母液滴进冷的含血清培养基，局部过饱和会瞬间成核，表现为"加了化合物反而读数更低"。 98% 之外：图谱要看的三个位置 SGK3 degrader-1（CAS 2381320-35-8，纯度 ≥98%）的 HPLC 纯度按 98% 标定，但对这个分子量级别来说，单看主峰面积百分比不够，还要看三个位置。 一是主峰肩部。PROTAC 类分子极性分布宽，C18 柱上常见的是主峰前后的"肩膀"而非孤立杂峰，肩部明显通常指向间隔臂的偶联不充分产物，而不是降解。 二是 LC-MS 的多电荷峰。分子量过千后电喷雾会给出多个电荷态，[M+2H]²⁺ 约 579.7、[M+3H]³⁺ 约 386.8，这是正常现象，不是杂质；判断依据是各电荷态的间距是否为 1/2 或 1/3 质量单位，以及去卷积后的中性分子量是否落在 1157.4。 三是 ¹H NMR 的积分比。叔丁基的 9H 单峰出现在 0.9 ppm 附近，噻唑环甲基在 2.4 ppm 左右，聚醚段则以 3.5–3.7 ppm 的宽包形式出现。用 9H 峰做内标，去核算聚醚宽包的积分，能快速判断连接臂是否完整——这一步比跑一遍 LC-MS 更快，也更适合每批到货时的初筛。 现货与定制：这类分子为什么要两条腿走路 SGK3 degrader-1（CAS 2381320-35-8，纯度 ≥98%）的合成难点不在单步反应，而在砌块多、纯化次数多。仅间隔臂与端基就涉及 (S,R,S)-AHPC（BCP33414）、VH 101 acid（BCP34105）、Boc-NH-PEG(3)-COOH（BCP49651）、Tos-PEG3-alcohol（BCP49618）、Bis-PEG5-acid（BCP25833）等一串常用片段的组合，任何一段不到位，末端偶联的收率都会掉下来。 市面上主流试剂平台多以 catalog 现货为主，深度定制不是其重心；而做降解课题的实验室，往往需要的恰恰是"现货能立刻开题、结构要改时有人接得住"。瀚香生物在这两端的组合比较实用：常规规格常备现货，16 点前确认的订单当天发出，国内免运费；需要换间隔臂长度、换端基或做对照分子时，毫克到公斤级的定制合成可以接着走，不必重新找第二家供应商。同规格下走国产合成路径，比进口分装的成本结构更可控，这一点在需要反复合成多个类似物的课题里差别很明显。 前沿进展：连接臂长度不是可选项 SGK3-PROTAC1 的原始表征工作给出了这套结构的基线数据：0.3 μmol/L 条件下 2 小时内降解约 50% 内源性 SGK3，8 小时达到约 80%，同时伴随底物 NDRG1 磷酸化水平下降，且对同家族的 SGK1、SGK2 没有明显作用，属于同工酶选择性较好的工具分子（Tovell 等，2019）。 连接臂的系统研究则解释了为什么同一靶标在文献里会出现好几个版本。Bemis 等对已报道 PROTAC 的连接臂长度与降解效力做了归一化统计，结论是连接臂的原子数与组成会独立于两端配体的结合亲和力影响降解效率，过短和过长都会掉活性（Bemis 等，2021）。落到实操上：确认结构时务必核对具体结构，而不是只认"C57H73FN10O11S2"这一个分子式——同靶标的类似物常常共享母核，差别全在间隔臂。 按实验阶段选规格 同一支化合物，不同阶段的用量差别很大，按用途拆开更省： - 建立降解曲线、摸 0.1–1 μmol/L 的工作浓度区间，5 mg 足够跑完一轮剂量梯度； - 做 2、4、8、12 小时多时间点复现，还要留溶剂对照，25 mg 是比较经济的档位； - 多个细胞系平行验证或需要高浓度储备做竞争实验，100 mg 一档可以少开几次瓶； - 要拿类似物做结构对照、或自己接荧光探针，就得走克级定制路径。 结语 分子量过千的 PROTAC，实验成败常常落在配液那十分钟里：无水溶剂、有节制的助溶、预温的培养基、分装不冻融，四件事做到，曲线就能重复。拿到货先看 NMR 的 9H 与聚醚积分比，比追着供应商问"这批纯不纯"更有效。有相关需求的课题组可进一步做技术评估，把结构和用量确认清楚再定规格。 参考文献 [1] Tovell H, et al. Design and Characterization of SGK3-PROTAC1, an Isoform Specific SGK3 Kinase PROTAC Degrader[J]. ACS Chemical Biology, 2019, 14(9): 2024-2034. [2] Bemis T A, La Clair J J, Burkart M D. Unraveling the Role of Linker Design in Proteolysis Targeting Chimeras[J]. Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 64(12): 8042-8052. 常见问题（FAQ） Q1：BCP35166 的 CAS 号与分子量是多少？ A：CAS 2381320-35-8，分子式 C57H73FN10O11S2，分子量 1157.38。 Q2：在 DMSO 中溶解度大概多少？ A：≥100 mg/mL（约 86 mM），乙醇中相近，纯水中基本不溶。 Q3：10 mM 母液怎么配？ A：取 5 mg 加 0.432 mL 无水 DMSO 即得；1 mL 体系对应 11.57 mg。 Q4：应如何储存？ A：固体 4–8℃ 避光干燥；储备液分装后 −20℃ 以下保存，避免反复冻融。 Q5：稀释进培养基为什么容易析出？ A：母液直接入冷培养基会局部过饱和，应先预热并做中间浓度稀释。 Q6：LC-MS 上出现多个峰是杂质吗？ A：分子量过千时电喷雾呈多电荷峰，[M+2H]²⁺ 约 579.7，去卷积后为同一分子。 Q7：能否提供克级数量？ A：毫克到公斤级均可安排，具体周期按结构确认后给出。 |
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