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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】如何调取未知基因
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huangdi07

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何调取未知基因

我有个真菌类微生物，想做基因敲除，但是没有该菌株的基因序列，只是推测有相关途径（该途径在蓝细菌里存在），想问一下大家，如何克隆出这段未知基因？非常焦急！
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1楼 2011-03-23 20:29:55
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zhengfan1109

银虫 (正式写手)
huangdi07(金币+1): 2011-03-23 22:37:18
既然有了可能相关的序列，那可以先根据已经有的序列设计引物，尝试调出基因，再测序。
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2楼2011-03-23 22:26:26
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huangdi07

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhengfan1109 at 2011-03-23 22:26:26:
既然有了可能相关的序列，那可以先根据已经有的序列设计引物，尝试调出基因，再测序。

现在的情况是，只有蓝细菌里有这段序列，真菌属于真核生物，是不是设计引物时考虑密码子简并性问题啊？另外，做race能实现吗？
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3楼2011-03-23 22:39:39
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)
huangdi07(金币+1): 2011-03-24 08:05:26
不知道序列，知道功能的话也可以
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4楼2011-03-23 22:40:59
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huangdi07

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gongeleven at 2011-03-23 22:40:59:
不知道序列，知道功能的话也可以

如何设计引物啊？两个菌一个真核的一个原核的，差异很大啊
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5楼2011-03-24 08:06:27
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jhu132llh

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
silicare(金币+2): 谢谢参与 2011-03-24 12:49:39
huangdi07(金币+1): 谢谢 2011-03-25 11:17:40
可以参考一下蓝细菌的基因序列
做一短点的引物然后做一下BLAST验证后优化引物做一下PCR试试了
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6楼2011-03-24 10:33:17
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sunwei57

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
蛋白的活性中心是保守的,寻找该蛋白的保守序列设计兼并引物
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7楼2012-03-18 21:25:21
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shaquila

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用先搜索est做电子克隆，然后设计兼并引物或高同源区域设计引物啊。其实这就是最基本的同源克隆，搜索下很多的，书上也有相关知识。
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8楼2012-03-18 22:37:23
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