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宏基因组学技术在识别复杂环境样品中微生物的结构组成及功能中的应用
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宏基因组学技术方法可以不依赖于传统的微生物分离培养过程高通量地识别复杂环境样品中微生物的结构组成及功能。请用多种种宏基因组学方法，说明他们如何能有效地诊断复杂微生物区系中特定微生物的存在及其功能？它们的选择原则及各自的优势等。 上课时老师给的开放题，找不到啊，望高人指点！我在网上找了很长时间都找不到，麻烦有人会的回答下，谢谢了，宏基因组，我都没有听过- -！ [ Last edited by 275780310 on 2011-11-13 at 12:20 ] |
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 环境微生物功能基因 | 高通量测序 |
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caolichuang
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2楼2011-11-13 13:59:18
pitty595
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【答案】应助回帖
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275780310(金币+6): 谢谢你了，你对这方面很了解，有时间的话再推荐几篇相关的文献完善下 2011-11-14 07:41:41
stormxuhao(金币+2): 积极参与讨论 2011-11-17 14:04:11
275780310(金币+6): 谢谢你了，你对这方面很了解，有时间的话再推荐几篇相关的文献完善下 2011-11-14 07:41:41
stormxuhao(金币+2): 积极参与讨论 2011-11-17 14:04:11
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1, 宏基因组针对的是整个体系中的基因，经过测序能得到未知非培菌种的遗传信息，有钱通过功能基因的分析，可以对整个群体的潜在功能进行推测。普遍认为仅有1%甚至更低的微生物能够培养，而那些未知的微生物可能在群体中具有很重要的作用，比如在深海甲烷富集沉积物中，很多产甲烷菌都是未培养的，通过宏基因组测序便可以知道其中关键的功能基因组成，当然也可以利用16s等的信息获得菌种分类上的信息。 2，方法： 最基本的就是宏基因组测序。好处：信息量大，绕过了培养的瓶颈，坏处：分析处理工作量大，测序的结果并不能直接告诉我们什么菌在起什么作用。只能是群体的整体功能推测。 另外，周集中教授发明的geochip也是很好的选择。简单快速，因此发表了不少文章。缺点估计就是价格上，以及是否商业化。 其实这是个很广的话题，在这个领域的研究也很多，能说的太多了。楼主自己也多看看。 |
3楼2011-11-14 00:19:16
4楼2011-11-14 11:57:45
goldchengli
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5楼2011-11-16 21:31:07
ghlsx
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【答案】应助回帖
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stormxuhao(金币+2): 积极参与讨论 2011-11-17 14:04:21
275780310(金币+5): 谢谢，呵呵 2011-12-06 12:24:23
stormxuhao(金币+2): 积极参与讨论 2011-11-17 14:04:21
275780310(金币+5): 谢谢，呵呵 2011-12-06 12:24:23
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概念 宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学, metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段, 以微生物多样性、 种群结构、 进化关系、 功能活性、 相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组 DNA, 进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适的载体,导入宿主菌体,筛选目的转化子等工作。 应用 特定生物种基因组研究使人们的认识单元实现了从单一基因到基因集合的转变，宏基因组研究将使人们摆脱物种界限，揭示更高更复杂层次上的生命运动规律。在目前的基因结构功能认识和基因操作技术背景下，细菌宏基因组成为研究和开发的主要对象。细菌宏基因组细菌人工染色体文库筛选和基因系统学分析使研究者能更有效地开发细菌基因资源，更深入地洞察细菌多样性。如宏基因组成为生物催化剂的新来源。 http://cjbmb.bjmu.edu.cn/CN/arti ... e=PDF&id=19339# http://www.nykxw.com/loadimg/%E5 ... %BF%9B%E5%B1%95.pdf http://journals.im.ac.cn/wswxtbc ... ter_id=4&falg=1 |
6楼2011-11-17 10:33:48
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