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275780310

木虫 (正式写手)

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[求助] 宏基因组学技术在识别复杂环境样品中微生物的结构组成及功能中的应用

宏基因组学技术方法可以不依赖于传统的微生物分离培养过程高通量地识别复杂环境样品中微生物的结构组成及功能。请用多种种宏基因组学方法，说明他们如何能有效地诊断复杂微生物区系中特定微生物的存在及其功能？它们的选择原则及各自的优势等。
上课时老师给的开放题，找不到啊，望高人指点！我在网上找了很长时间都找不到，麻烦有人会的回答下，谢谢了，宏基因组，我都没有听过- -！

[ Last edited by 275780310 on 2011-11-13 at 12:20 ]

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三十而立,四十不惑,五十知天命！

1楼 2011-11-13 11:55:45

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goldchengli

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

275780310(金币+3): 谢谢参与 2011-11-17 07:58:11

你用metagenome做关键词google一下

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5楼2011-11-16 21:31:07

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caolichuang

铁虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★
kanavaro11(金币+1): 积极！欢迎常来！ 2011-11-13 15:35:45
275780310(金币+2): 谢谢参加 2011-11-14 07:41:59

google学术或者数据库挺多的啊，主要集中在土壤海洋沼气池等复杂体统的筛选， google有几个综述的或许对你有用

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2楼2011-11-13 13:59:18

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pitty595

铜虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★
275780310(金币+6): 谢谢你了，你对这方面很了解，有时间的话再推荐几篇相关的文献完善下 2011-11-14 07:41:41
stormxuhao(金币+2): 积极参与讨论 2011-11-17 14:04:11

1, 宏基因组针对的是整个体系中的基因，经过测序能得到未知非培菌种的遗传信息，有钱通过功能基因的分析，可以对整个群体的潜在功能进行推测。普遍认为仅有1%甚至更低的微生物能够培养，而那些未知的微生物可能在群体中具有很重要的作用，比如在深海甲烷富集沉积物中，很多产甲烷菌都是未培养的，通过宏基因组测序便可以知道其中关键的功能基因组成，当然也可以利用16s等的信息获得菌种分类上的信息。
2，方法：
最基本的就是宏基因组测序。好处：信息量大，绕过了培养的瓶颈，坏处：分析处理工作量大，测序的结果并不能直接告诉我们什么菌在起什么作用。只能是群体的整体功能推测。
另外，周集中教授发明的geochip也是很好的选择。简单快速，因此发表了不少文章。缺点估计就是价格上，以及是否商业化。

其实这是个很广的话题，在这个领域的研究也很多，能说的太多了。楼主自己也多看看。

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3楼2011-11-14 00:19:16

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