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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 酿酒酵母基因组PCR出了16S的条带
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z-w-p

新虫 (初入文坛)

[求助] 酿酒酵母基因组PCR出了16S的条带已有1人参与

实验要用酿酒酵母的基因组全测序。但是在华大16S检测排除细菌污染的时候，发现能P出16S的条带。随后我自己重新划线分离单菌落，重提了基因组DNA，用16S通用引物PCR发现还是有16S的条带出现，请各位大侠给予解释~
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1楼2011-10-31 13:30:43
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
不懂~~~

别的已知的酵母基因组有16s么
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小木虫之有关部门负责人
2楼2011-10-31 13:41:38
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丰之第

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-31 15:05:06
，你批不出来才怪了 哥哥。呵呵。你们控制好条件了没有。譬喻说提取过程。空气中的细菌，以及加样过程。难道没有可能染菌。提取的试剂还有其他的。这个过程很严格。。。。。预祝你搞好。对于基因组哥不了解
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3楼2011-10-31 14:17:22
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z-w-p

新虫 (初入文坛)
额， PCR过程空气中的细菌可以忽略吧，因为我同时做了阴性对照，水代替DNA模板，如果空气中存在的话，那阴性对照也会有。
另外，培养过程和提取过程应该不会有什么问题啊，所以很疑惑。
还是多谢各位，倾情解答，嘿嘿
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4楼2011-10-31 15:55:51
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girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

培养基中存在残留的细菌DNA，这个测序应该不影响吧
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5楼2011-10-31 19:43:32
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
1楼: Originally posted by z-w-p at 2011-10-31 13:30:43:
实验要用酿酒酵母的基因组全测序。但是在华大16S检测排除细菌污染的时候，发现能P出16S的条带。随后我自己重新划线分离单菌落，重提了基因组DNA，用16S通用引物PCR发现还是有16S的条带出现，请各位大侠给予解释~

这个最大的可能就是什么步骤污染了。不过真是不好说究竟是什么地方有问题。可以按照这样的方法试试：
1 把你的酵母重新平板培养。挑单菌落划线 纯化2-3次，然后再培养提取DNA，注意操作步骤中的无菌操作
2 如果你们实验室还有别的酵母，提DNA 拿16s 的引物去p了试试 看能不能p出来，一般人好像不会用细菌的通用引物去p真菌 这个 还真不好说 搞不好还真能做出来呢
3 最后 确定一下你用的引物 真的是16s的 ？
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6楼2011-11-02 08:52:02
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iaminxanadu

木虫 (正式写手)
把你的“16S产物”测序吧，先看看是不是假阳性再说
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7楼2011-11-02 10:16:21
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sq_rebecca

新虫 (小有名气)
楼主，问题后来怎么办了呀，我也遇到
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8楼2014-05-16 15:58:36
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

首先，你的酿酒酵母是不是真正的纯培养，既然要做重测序，那么有可能你的菌株在分离的时候就没有得到纯培养，这个非常常见。
所以，将你的培养物在酵母选择性培养基中再次划线培养，可能的话，加入一点儿抗生素来做。多划线几次。

最后，为了确定污染的情况，你可以做一个细菌16S 的qPCR,即拷贝数检测，看看是不是会影响你的全基因组测序。

公司提出的问题实际上比较重要，如果你的细菌污染比例很大，后期分析会非常非常麻烦。
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致良知
9楼2014-05-16 22:28:36
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