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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 酿酒酵母基因组PCR出了16S的条带
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z-w-p

新虫 (初入文坛)

[求助] 酿酒酵母基因组PCR出了16S的条带 已有1人参与

实验要用酿酒酵母的基因组全测序。但是在华大16S检测排除细菌污染的时候，发现能P出16S的条带。随后我自己重新划线分离单菌落，重提了基因组DNA，用16S通用引物PCR发现还是有16S的条带出现，请各位大侠给予解释~
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1楼 2011-10-31 13:30:43
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

首先，你的酿酒酵母是不是真正的纯培养，既然要做重测序，那么有可能你的菌株在分离的时候就没有得到纯培养，这个非常常见。
所以，将你的培养物在酵母选择性培养基中再次划线培养，可能的话，加入一点儿抗生素来做。多划线几次。

最后，为了确定污染的情况，你可以做一个细菌16S 的qPCR,即拷贝数检测，看看是不是会影响你的全基因组测序。

公司提出的问题实际上比较重要，如果你的细菌污染比例很大，后期分析会非常非常麻烦。
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致良知
9楼2014-05-16 22:28:36
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
不懂~~~

别的已知的酵母基因组有16s么
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小木虫之有关部门负责人
2楼2011-10-31 13:41:38
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丰之第

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-31 15:05:06
，你批不出来才怪了 哥哥。呵呵。你们控制好条件了没有。譬喻说提取过程。空气中的细菌，以及加样过程。难道没有可能染菌。提取的试剂还有其他的。这个过程很严格。。。。。预祝你搞好。对于基因组哥不了解
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3楼2011-10-31 14:17:22
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z-w-p

新虫 (初入文坛)
额， PCR过程空气中的细菌可以忽略吧，因为我同时做了阴性对照，水代替DNA模板，如果空气中存在的话，那阴性对照也会有。
另外，培养过程和提取过程应该不会有什么问题啊，所以很疑惑。
还是多谢各位，倾情解答，嘿嘿
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4楼2011-10-31 15:55:51
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