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【求助/交流】【求助】细菌未知功能基因的克隆方法
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未曾走过的路
新虫
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虫号: 1009524
[交流]
【求助/交流】【求助】细菌未知功能基因的克隆方法
各位达人,请教问题如下:
化合物A在WT菌株中的代谢途径是A->B->C.
在化学诱变株Mut中B->C的相关gene被阻断,有可能是调节gene,也有可能是功能gene。
其中化合物ABC已知,但只有A能买得到。
A->B的gene已知,B->C的功能gene未知。
WT菌株基因组未测序~(貌似花钱比较多)
请问有什么好的方法,克隆B-C的
功能gene
呢?
方法原理是什么?实验难度如何?可行性有多高?经费需求多少?
小弟金币不多,倾情奉献~
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2010-12-13 11:20:48
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brightfuture01
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参考文献给你,呵呵。有专门建库的试剂盒,不过比较昂贵,其实建那么小的一个库用不着这样的kit。自己找一个粘粒载体就OK了。
这个是我当初做宏基因组文库的时候参考过的一个nature protocol,建库的过程很详细,适合新手。
Construction of soil environmental DNA cosmid libraries and screening for clones that produce biologically active small molecules
全文链接:
http://ryu.jgi-psf.org/general/protocols/HMW_eDNA.pdf
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12楼
2010-12-13 22:27:06
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zhuifeng7000
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看天(金币+1):鼓励回答 2010-12-13 12:22:31
scelab(金币+3):谢谢交流~ 2010-12-13 12:23:35
未曾走过的路(金币+1):谢谢你 2010-12-13 20:35:57
看B->C是由什么酶催化的,然后到与你的菌株亲缘比较近的基因组测过序的菌株中查找这个酶的编码基因,然后再通过这个基因设定兼并因为在你的菌株中PCR扩增,可能会得到这个基因。
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2010-12-13 11:48:59
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Originally posted by
zhuifeng7000
at 2010-12-13 11:48:59:
看B->C是由什么酶催化的,然后到与你的菌株亲缘比较近的基因组测过序的菌株中查找这个酶的编码基因,然后再通过这个基因设定兼并因为在你的菌株中PCR扩增,可能会得到这个基因。
这个酶是加羟基的,但是已知的基因组肯定没有这个,用同种的已知基因组的菌无法代谢A和B。
这个基因可能是新的,未知的
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3楼
2010-12-13 20:38:24
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香菱儿
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scelab(金币+2):谢谢交流 2010-12-13 21:15:08
Subtractive hybridization, or Microarray
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4楼
2010-12-13 20:53:28
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