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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助：基因组文库构建时一般用什么Marker？
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zct2008

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 求助：基因组文库构建时一般用什么Marker？

本人正在构建一个细菌基因组文库，按照《分子克隆实验指南》，提取全基因组以后用Sau3AI进行部分酶切，然后电泳分离30-45kb大小的片段。想请教一下大家：电泳分离30-45kb大小的片段时一般用什么Marker？一般常用的Marker没有这么大的，不知道大家都是用什么作为分子量标准的？请做过基因组文库构建的朋友帮忙，非常感谢！
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天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物。
1楼2011-05-30 09:27:26
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

srlee

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
zct2008(金币+1): 谢谢帮助！ 2011-07-08 15:37:06
西瓜(金币+6, EPI+1): 一起奖励了！ 2011-07-08 19:15:28
引用回帖:
Originally posted by 他她0328 at 2011-07-08 14:34:02:
我要跑的就是脉冲场电泳。。。那还能不能用λHindIII ？分离大片段DNA是不是一定要用脉冲场电泳？

1）如果是建BAC文库的话，分离DNA用脉冲场跑效果很好，根据你自己实验的需要选择合适的marker。
2）如果是建fosmid文库的话，用低电压过夜电泳足够了，在没有control marker的条件下，选用λHindIII 也可以用。
3）在脉冲场电泳中，由于λHindIII marker太小我没有用过，所以对其在跑电泳过程中的迁移距离也没有概念，不好意思！
4）分离大片段DNA是不是一定要用脉冲场电泳？我只能说根据自己的实验需求来合理安排实验！
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10楼2011-07-08 15:12:26
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普通回帖

zct2008

至尊木虫 (著名写手)
自己顶一下，继续求助。
有没有做过基因组文库构建的朋友？请帮帮忙，非常感谢！
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天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物。
2楼2011-06-01 20:35:28
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-06-02 09:07:52
40多KB的可以用λ线性DNA，20多KB的可以用λ/EcoRⅠ，最大的一条带是21.6kb，这两个Ladder分两个泳道上样，割中间区域的胶。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2011-06-02 01:13:09
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他她0328

银虫 (小有名气)
我要构建的是链霉菌的基因组文库，回收的是30-42kb之间的片段，也在找合适的marker。。。
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4楼2011-07-03 19:18:46
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weekend883

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 他她0328 at 2011-07-03 19:18:46:
我要构建的是链霉菌的基因组文库，回收的是30-42kb之间的片段，也在找合适的marker。。。

我也在构建文库，不知道有没有熟悉的人提供一个详细的操作流程及注意事项，不胜感激。
分离基因组DNA（10-100kb）的脉冲场条件，怎么样回收效率比较高？谢谢了
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5楼2011-07-07 07:36:21
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srlee

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zct2008(金币+2): 谢谢！有构建文库的试剂盒吗？能否推荐几个比较好的公司？另外，λHindIII marker最大只有23130bp，还是不太合适。 2011-07-07 15:52:53
西瓜(金币+3): Good！可否回答楼主下面的追问？ 2011-07-07 22:36:08
1）用试剂盒构建文库可能比较快速和高效，好多公司也都有卖。
2）至于marker，在cosmid或fosmid试剂盒中会提供一个42kb的control DNA。
3）其实，要是建cosmid这样30-40kb的文库的话，用λHindIII marker也可以用的。
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6楼2011-07-07 12:18:45
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他她0328

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by srlee at 2011-07-07 12:18:45:
1）用试剂盒构建文库可能比较快速和高效，好多公司也都有卖。
2）至于marker，在cosmid或fosmid试剂盒中会提供一个42kb的control DNA。
3）其实，要是建cosmid这样30-40kb的文库的话，用λHindIII marker也可以 ...

λHindIII 最大指示条带不是才23K么，怎么指示30-40K的啊。。。
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7楼2011-07-07 21:33:30
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srlee

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

zct2008(金币+2): 谢谢您的回复！我试一试，如有问题再请教你，呵呵…… 2011-07-08 15:35:05
引用回帖:
Originally posted by 他她0328 at 2011-07-07 21:33:30:
λHindIII 最大指示条带不是才23K么，怎么指示30-40K的啊。。。

λHindIII 最大条带确实是23Kb，如果是低电压过夜电泳（脉冲场电泳就另说了）的话，建文库要割胶回收的30-40K条带也就在23kb上面一点点，如果建文库时找不到40kb左右的marker完全可以用它指示一下，等你做的多了就明白了。
另，回答楼上zct2008关于试剂盒问题，我们实验室常用EPICENTRE公司的cosmid或fosmid试剂盒。
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8楼2011-07-08 10:46:14
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他她0328

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by srlee at 2011-07-08 10:46:14:
λHindIII 最大条带确实是23Kb，如果是低电压过夜电泳（脉冲场电泳就另说了）的话，建文库要割胶回收的30-40K条带也就在23kb上面一点点，如果建文库时找不到40kb左右的marker完全可以用它指示一下，等你做的多 ...

我要跑的就是脉冲场电泳。。。那还能不能用λHindIII ？分离大片段DNA是不是一定要用脉冲场电泳？
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9楼2011-07-08 14:34:02
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