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vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 关于怎样建立基因文库,并通过文库建系统发育树

我的问题,用污泥驯化富集可以降解某种特定污染物的混合菌,现在要分析微生物菌落结构。想通过建立基因文库。来建立系统发育树。原来的方法是做DGGE,再进行克隆,测序。发现大量外文文献里,很少做DGGE,普遍方法是,做完PCR后,就纯化,克隆,测序,不过测序量十分大。我是个初学者,希望大家能提供详细的过程。另外大家能评价下,DGGE后的克隆测序做系统发育树和直接PCR后克隆测序用啥区别?当然引物用一样的。
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫,加油哦 2011-12-02 10:11:14
我也做这方面的。自己的理解是:真接用pcr产物构建克隆文库,需要大量随机挑取单克隆,至少50个。DGGE当目的基因500以上分离较果就很不好了。但如果用DGGE分好条带后再建克隆文库,可以节省一些工作量?RFLP没作过,如果原理是和T-RFLP相同,那么大概不能在GENEBANK中检索相近序列吧。新手拙见,请批评指正。
要学会生物统计
9楼2011-12-02 00:09:16
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wozha

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同问,利用
RFLP是否更好些
3楼2011-06-13 15:35:29
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amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

vs570588(金币+2): 谢谢你 2011-06-14 22:13:44
vs570588(金币+1): 谢谢你了 2011-06-21 16:00:56
vs570588(金币+2): 2011-08-19 21:16:59
简单地说,DGGE灵敏度比较低,只能检测到群落中占优势的菌群,克隆建库灵敏度相对较高,打个比方,你用DGGE仅检测到10种菌,而克隆建库可能检测到100种菌.克隆建库的具体方法,你可以下载几篇做微生物群落结构和多样性的毕业论文看看,不再详述。
5楼2011-06-14 20:51:20
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小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也想做这方面的内容
6楼2011-06-14 23:48:55
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