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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于341F和534R引物的
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vs570588

木虫 (正式写手)

[交流] 关于341F和534R引物的

这个问题一直都没有搞明白。
我的试验主要研究高氯酸盐还原混合菌。富集驯化的原泥来自于一般污水处理厂二沉池回流污泥。我做PCR-DGGE后，切胶，纯化，克隆，测序，建树。这套方法是沿用原先我们组有人用341F和534R来解析堆肥过程中微生物群落的变化。所以，测序结果基因片段长度都在180bp左右。用测序结果和NCBI中进行比对，几乎最大的MAX Ident的纯菌都是不可培养的，所以无法建立系统发育树，并且NCBI中高氯酸盐还原菌的片段在很长。看了大量关于高氯酸盐还原菌的文章，目前，没有用这套引物做这种菌的。文献中主要分为两类引物：一类是通用引物，27F和1429R，PCR后纯化，做克隆，建立文库，送出测序。一类是用功能性酶基因来设计引物。实在搞不明白，为啥没有人用341F和534R引物来做高氯酸盐还原菌？选择引物时，怎样根据自己研究的具体微生物来选择？是否要参考以上传到NCBI中纯菌的片段的大小来选择自己引物？
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1楼 2011-09-07 09:47:38
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vs570588

木虫 (正式写手)
没有人回答，难道我叙述哪里有问题吗
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2楼2011-09-07 13:22:10
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rb

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
vs570588(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励讨论，很认真的回复，感谢！ 2011-09-07 20:38:07
不是这个专业的，根据你的描述进行推断，如果进行菌落差异的检测那么片段需要稍微长一点才能找到SNP或mutation，而341F和534R产物长度只有183bp，当然效果不理想了。27F和1429R产物有1422bp就可能找到更多的位点了。
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3楼2011-09-07 15:54:02
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smiled001

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
vs570588(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励新虫讨论，以后是不是可以说多点，把一句话说完（你最后是逗号哦~） 2011-09-07 20:38:53
本帖内容被屏蔽
4楼2011-09-07 19:17:41
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vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by smiled001 at 2011-09-07 19:17:41:
如果你是研究特定细菌，是不是在比对的时候可以剔除掉不可培养的细菌，

主要比对时，根本就找不到纯菌，出来的都是不可培养的。另外，貌似，大家都在用341F和534R，难道就没有人用过其它通用引物
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5楼2011-09-08 10:09:32
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sunmoods

金虫 (小有名气)
★
vs570588(金币+1):谢谢参与
这对引物是细菌的通用引物吧，长度适合DGGE
你应该是通过功能基因设计引物 ，尽量提出其他菌
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6楼2011-09-08 17:36:08
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vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sunmoods at 2011-09-08 17:36:08:
这对引物是细菌的通用引物吧，长度适合DGGE
你应该是通过功能基因设计引物 ，尽量提出其他菌

是的，但我的主要目的是想测序，构建发育树。你的意思这对引物不适合吗？
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7楼2011-09-08 18:45:45
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vs570588

木虫 (正式写手)
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8楼2011-09-09 19:23:57
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