应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于341F和534R引物的
81/1返回列表
查看: 1662  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vs570588

木虫 (正式写手)

[交流] 关于341F和534R引物的

这个问题一直都没有搞明白。
我的试验主要研究高氯酸盐还原混合菌。富集驯化的原泥来自于一般污水处理厂二沉池回流污泥。我做PCR-DGGE后，切胶，纯化，克隆，测序，建树。这套方法是沿用原先我们组有人用341F和534R来解析堆肥过程中微生物群落的变化。所以，测序结果基因片段长度都在180bp左右。用测序结果和NCBI中进行比对，几乎最大的MAX Ident的纯菌都是不可培养的，所以无法建立系统发育树，并且NCBI中高氯酸盐还原菌的片段在很长。看了大量关于高氯酸盐还原菌的文章，目前，没有用这套引物做这种菌的。文献中主要分为两类引物：一类是通用引物，27F和1429R，PCR后纯化，做克隆，建立文库，送出测序。一类是用功能性酶基因来设计引物。实在搞不明白，为啥没有人用341F和534R引物来做高氯酸盐还原菌？选择引物时，怎样根据自己研究的具体微生物来选择？是否要参考以上传到NCBI中纯菌的片段的大小来选择自己引物？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-09-07 09:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
没有人回答，难道我叙述哪里有问题吗
赞一下 回复此楼
2楼2011-09-07 13:22:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rb

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
vs570588(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励讨论，很认真的回复，感谢！ 2011-09-07 20:38:07
不是这个专业的，根据你的描述进行推断，如果进行菌落差异的检测那么片段需要稍微长一点才能找到SNP或mutation，而341F和534R产物长度只有183bp，当然效果不理想了。27F和1429R产物有1422bp就可能找到更多的位点了。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-09-07 15:54:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smiled001

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
vs570588(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励新虫讨论，以后是不是可以说多点，把一句话说完（你最后是逗号哦~） 2011-09-07 20:38:53
本帖内容被屏蔽
4楼2011-09-07 19:17:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by smiled001 at 2011-09-07 19:17:41:
如果你是研究特定细菌，是不是在比对的时候可以剔除掉不可培养的细菌，

主要比对时，根本就找不到纯菌，出来的都是不可培养的。另外，貌似，大家都在用341F和534R，难道就没有人用过其它通用引物
赞一下 回复此楼
5楼2011-09-08 10:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunmoods

金虫 (小有名气)
★
vs570588(金币+1):谢谢参与
这对引物是细菌的通用引物吧，长度适合DGGE
你应该是通过功能基因设计引物 ，尽量提出其他菌
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-09-08 17:36:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sunmoods at 2011-09-08 17:36:08:
这对引物是细菌的通用引物吧，长度适合DGGE
你应该是通过功能基因设计引物 ，尽量提出其他菌

是的，但我的主要目的是想测序，构建发育树。你的意思这对引物不适合吗？
赞一下 回复此楼
7楼2011-09-08 18:45:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
顶顶看
回复此楼
8楼2011-09-09 19:23:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员BmWXvC 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭