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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于DGGE，求助
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hustxiong

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】关于DGGE，求助

最近初做DGGE，银染后，图谱如下：
（1）点了两个样，每个样两个平行，图中A1,A2 和BI,B2，为何其他泳道也扩散严重，胶制好后过夜室温干燥的。样品量是16微升。缓冲室1*TAE，60度，130V，8.5个小时。
(2) A、B样品实质是 同一个样品中提取DNA后， 一个用V3区引物，一个用是是V6-V8区引物。
（3）图谱最上面的弧形，难道是边缘效应？
高手请帮助下，非常感谢！
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1楼 2010-08-28 15:20:54
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lstt09nk

铁杆木虫 (职业作家)

小堂
hustxiong(金币+1):呵呵 谢谢！ 2010-08-28 20:58:39
帮你顶一下吧
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坚持能无数次改变人生的风景，因为只要路是对的，就不怕远~~~
2楼2010-08-28 17:36:44
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526378054

金虫 (小有名气)
hustxiong(金币+2): 2010-08-29 15:46:37
是不是胶放置时间太长了？我们一般做好胶后两三个小时就用
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3楼2010-08-29 15:27:54
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tsq0126

金虫 (小有名气)
各位大侠给出出主意

变性胶的浓度范围45%--65%，胶的浓度是8%，片段是250bp左右，电泳16小时，电压100V，电流40mA。DGGE的图片上下反掉啦，由于拍得太大，点样孔没有拍出来。各位大虾多给意见。  

相信楼主的问题已经解决啦，给小弟我出出主意。万分感谢
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4楼2011-01-06 15:12:14
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hustxiong

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 15:12:14:
各位大侠给出出主意

变性胶的浓度范围45%--65%，胶的浓度是8%，片段是250bp左右，电泳16小时，电压100V，电流40mA。DGGE的图片上下反掉啦，由于拍得太大，点样孔没有拍出来。各位大虾多给意见。  

相信楼主 ...

从图上无法看出问题的症结，影响因素太多了。
建议  变性胶 的浓度范围做个调整，试试看
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5楼2011-01-07 21:51:42
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在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★
dhd997(金币+2):最近很活跃，加油啊 2011-01-08 12:22:17
引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 15:12:14:
各位大侠给出出主意

变性胶的浓度范围45%--65%，胶的浓度是8%，片段是250bp左右，电泳16小时，电压100V，电流40mA。DGGE的图片上下反掉啦，由于拍得太大，点样孔没有拍出来。各位大虾多给意见。  

相信楼主 ...

你的PCR产物有非特异扩增呀。相信你是使用的338,518R的V3区引物，如果是这样的话，你的DGGE条件是没有大问题的。图做的不好，跟胶做的好坏关系很大。

[ Last edited by 在雨中 on 2011-1-8 at 10:32 ]
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6楼2011-01-08 10:31:32
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tsq0126

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-01-08 10:31:32:


你的PCR产物有非特异扩增呀。相信你是使用的338,518R的V3区引物，如果是这样的话，你的DGGE条件是没有大问题的。图做的不好，跟胶做的好坏关系很大。

[ Last edited by 在雨中 on 2011-1-8 at 10:32 ]

我也是这样认为的，因为是第一次做，只是看了很多资料，实际操作以前也没有进行过，我们学校几个会做的也走啦，郁闷呀，看来只有慢慢做啦。
还有什么好的建议给小弟吗？期待中.........
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7楼2011-01-08 14:01:08
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koven

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
做DGGE，我也遇到，条带不清晰地问题。
本人研究环境细菌，16s V3区，引物为GC-341F和534R，PCR条带很亮。
DGGE条件为：10%胶浓度，40%-60%，60V，15h，EB染色25min。
之前有几次跑的很不错，但是最近又陷入泥泽，我认为是胶的原因，但一直没找到原因，恳请大虾们伸出援手。
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8楼2011-09-16 11:02:35
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分子实验哥

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
北京华美锐公司是一家专门代做DGGE实验的公司
1.技术路线如下﹕
客户提供样本，公司负责从样本中提取DNA，设计与合成检测片段特异性PCR引物， PCR扩增，PCR产物纯化，变性梯度凝胶电泳，PAGE切胶回收，二次PCR扩增，琼脂糖切胶回收，TA克隆测序，生物信息学分析对PCR产物进行单向测序后分析所检测信息。
2.我们为您提供的结果
提交结果包括：PCR结果的胶图、PCR产物的变性梯度凝胶电泳分析图、主要电泳条带的序列测定及其序列分析、测序峰图及序列，测序结果分析报告。
有需要代做DGGE实验的朋友请联系    18910397186   周
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9楼2011-12-14 00:06:40
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zhang226296

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by koven at 2011-09-16 11:02:35
做DGGE，我也遇到，条带不清晰地问题。
本人研究环境细菌，16s V3区，引物为GC-341F和534R，PCR条带很亮。
DGGE条件为：10%胶浓度，40%-60%，60V，15h，EB染色25min。
之前有几次跑的很不错，但是最近又陷入泥 ...

我用的也是这个引物，但是是8%的胶浓度，总是跑不出来好的条带，条带都很少，为什么你用10%的啊，之后跑出来怎么样啊，求赐教，我快被折磨死了
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10楼2014-03-11 20:49:12
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