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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】有做DGGE的虫友们来帮帮忙啊
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惟我独尊

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】有做DGGE的虫友们来帮帮忙啊 已有3人参与

本人正DGGE几个月了 经历了艰难险阻终于到了切胶回收测序这一步了。呵呵 ，请问大家做DGGE的切胶回收步骤都是怎么做的 啊？有没有专门的DGGE胶回收试剂盒啊，我知道有卖琼脂糖和聚丙烯酰胺胶回收试剂盒的 ， 能用来做DGGE胶回收吗？如果没有试剂盒，大家都是怎么做的啊 ，谢谢指导啊。期待中。。。。
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1楼 2010-08-23 16:31:26
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526378054

金虫 (小有名气)
★
amisking(金币+1):欢迎分享经验！ 2010-08-23 21:01:15
惟我独尊(金币+2):谢谢你的及时回复 2010-08-27 10:46:05
我们实验室就是没有胶回收试剂盒，我们一般用枪头切胶，于TE中过夜，第二天做PCR（带GC夹子的引物），然后再DGGE检验是否纯带，若纯就再次PCR（不带GC夹子），这样就可以把PCR产物送去测序了
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2楼2010-08-23 17:37:43
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
谢谢楼上的帮助，再弱弱的问一句：你们最初做ＤＧＧＥ的上样ＤＮＡ样品的ＰＣＲ引物也用的带ＧＣ夹子的吗，我的没用　会有很大影响吗？
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3楼2010-08-23 23:04:40
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526378054

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 惟我独尊 at 2010-08-23 23:04:40:
谢谢楼上的帮助，再弱弱的问一句：你们最初做ＤＧＧＥ的上样ＤＮＡ样品的ＰＣＲ引物也用的带ＧＣ夹子的吗，我的没用　会有很大影响吗？

做DGGE上样用的PCR都要用GC夹子吧！不用的话是做不出来的！
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4楼2010-08-24 11:45:08
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jndxmmc

新虫 (小有名气)
★
silicare(金币+1):鼓励交流 2010-08-25 12:13:46
惟我独尊(金币+1):谢谢 2010-08-27 10:46:43
用小刀在在紫外下直接割胶于TE中过夜，第二天 60度温浴，做PCR（带GC夹子），再DGGE检验是否单挑带，如果是，重复割胶回收，用不带GC的引物PCR，PCR产物送去测序
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5楼2010-08-25 10:07:43
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crydevil

金虫 (小有名气)
惟我独尊(金币+1): 2010-08-27 10:46:53
我是切下来之后放入无菌水 轻轻捣碎胶块，然后在冰箱中反复冻融几次，第二天以上清液做模板P就好了。很简单的
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6楼2010-08-25 14:00:45
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
嘿嘿 知道了 谢谢大家的帮助啊
:
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7楼2010-08-27 10:45:13
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
还有 如果第二次做DGGE发现不是一条带怎么办？要把第二次的多条带都割胶PCR测序？
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8楼2010-08-27 10:48:16
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crydevil

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 惟我独尊 at 2010-08-27 10:48:16:
还有 如果第二次做DGGE发现不是一条带怎么办？要把第二次的多条带都割胶PCR测序？

那就反复做P 直到分出单一条带
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9楼2010-08-28 09:30:50
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惟我独尊

金虫 (小有名气)

染色问题

继续请教大家一下，大家都是用什么染色方法啊，银染？EB还是SYBRGree1？银染比较简单，不用成像，但好像有的文献说银染后不能用于割胶测序是这样的ma ?
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10楼2010-08-30 11:15:22
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