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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DGGE条带亮点分析
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lgn20118049

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DGGE条带亮点分析

一条条带有五个亮点,分得挺开的,但是切胶纯化鉴定后,在Blast上匹对,五个亮点的序列和基因库上同一株菌相似度达到97-99%,请问是鉴定出来的五个株是同一株菌吗?不是说不同的亮点代表有不同的菌吗?如果不同的菌,用什么软件可以分析啊?
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1楼 2010-12-19 11:19:04
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biocontrol

金虫 (小有名气)
★ ★
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~~~~ 2010-12-19 12:08:28
lgn20118049(金币+3): 2010-12-22 22:00:02
个人觉得不是一个种，可能是一个属。因为DGGE测序长度有限。验证方法3个
1，做系统发育树看看相互的距离，如果相近可能同种。
2，基因克隆，得到相应的克隆子，然后测序。序列长，相应准确度上升。
3，没有想到，呵呵
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2楼2010-12-19 11:46:28
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匿名

用户注销 (著名写手)
★ ★
dhd997(金币+2):good 2011-01-09 10:34:32
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3楼2011-01-04 22:35:59
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tsq0126

金虫 (小有名气)

大家看看结果是怎么回事

最近做完DGGE，DGGE的结果很奇怪，不知道怎么回事。
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4楼2011-01-06 14:59:13
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tsq0126

金虫 (小有名气)

自己顶一下

★
silicare(金币+1):鼓励上图 2011-01-10 12:38:45
引用回帖:
Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 14:59:13:
最近做完DGGE，DGGE的结果很奇怪，不知道怎么回事。

各位大侠给出出主意
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5楼2011-01-06 15:00:22
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tsq0126

金虫 (小有名气)

继续跟帖

★ ★
dhd997(金币+2):good 2011-01-09 10:34:55
变性胶的浓度范围45%--65%，胶的浓度是8%，片段是250bp左右，电泳16小时，电压100V，电流40mA。DGGE的图片上下反掉啦，由于拍得太大，点样孔没有拍出来。各位大虾多给意见。
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6楼2011-01-06 15:04:01
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tsq0126

金虫 (小有名气)
自己顶一下
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7楼2011-01-09 10:31:17
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匿名

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8楼2011-01-09 14:27:17
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tsq0126

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kerrylee_tw at 2011-01-09 14:27:17:

不知上样量是多少？是什么样品？什么基因？染色时间是多少？

上样30ul,土壤细菌的16S rDNA的V3片段，染色三十分钟
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9楼2011-01-10 21:58:26
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匿名

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10楼2011-01-10 22:27:37
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 15:00:22
各位大侠给出出主意

...

您好，最后怎么解决的，急求答案啊！
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11楼2013-05-12 11:47:57
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cjlovesen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tsq0126 at 2011-01-06 15:04:01
变性胶的浓度范围45%--65%，胶的浓度是8%，片段是250bp左右，电泳16小时，电压100V，电流40mA。DGGE的图片上下反掉啦，由于拍得太大，点样孔没有拍出来。各位大虾多给意见。

咱俩用的条件基本一样，我的条带出现了两次弥散了，不知道为什么
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12楼2013-05-12 11:48:39
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大明青竹

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，问题解决了吗？我遇到完全一样的问题了。
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13楼2015-07-07 14:42:14
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