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bevan09

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【分子生物】EPI帖

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1楼 2012-03-03 17:06:36
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在雨中

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bevan09(金币+10): ★★★很有帮助 2012-03-04 16:24:47
1949stone(MolEPI+1): 很不错 2012-03-04 16:28:44
氨氧化细菌的DGGE我做过，但要有GC夹子的引物才可以DGGE电泳。
氨氧化古菌的amoA基因由于加了GC夹子会抑制PCR扩增，所以很多文献推荐不用GC夹子的引物扩增然后DGGE。我试过，DGGE效果很好。
细菌通用引物341F和907R不太适合DGGE，因为它的扩增片段太长了，DGGE不太适合电泳分离。推荐你使用338F和518R。呵呵。
The variable V3 region of the bacterial 16S rDNA gene sequence was amplified using the bacterial universal primers 338f (5’- CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGGCCTACGGGAGGCAGCAG-3’) and 518r (5’-ATTACCGCGGCTGCTGG-3’) (Li et al. 2008)
Li A, Yang S, Li X, Gu J (2008) Microbial population dynamics during aerobic sludge granulation at different organic loading rates. Water Res 42:3552-3560
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5楼2012-03-04 16:16:15
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h_xx1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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amisking(金币+2): 鼓励积极应助！ 2012-03-03 20:30:30
bevan09(金币+8): ★★★很有帮助 2012-03-04 08:43:47
不加GC夹子是跑不出DGGE条带的，即使有条带，也是没有分开的条带，不能表征种群的多样性。要做DGGE，必须要有带GC夹子的引物。而且，DGGE所用引物一般目标条带都较短，因为太长了不好进行PCR。还有，你所用的引物是什么？
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2楼2012-03-03 17:28:26
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bevan09

禁虫 (小有名气)
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3楼2012-03-04 08:49:26
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树宝宝zyx

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bevan09(金币+5): ★★★很有帮助 谢谢鼓励啊！ 2012-03-04 12:42:47
加油，祈祷，祝福，一定会成功的！
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科研真辛苦！
4楼2012-03-04 11:27:32
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bevan09

禁虫 (小有名气)
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6楼2012-03-04 16:30:42
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ygbxk

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bevan09(金币+5): ★有帮助 2012-03-05 09:39:20
DGGE一般分析500个片段以下的，太长了很难分离。amoA确实不好做，我曾经做了好几个月才做出一两个来，但是也有一次就做出来的时候，不知道为什么。
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7楼2012-03-05 09:03:05
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bevan09

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8楼2012-03-05 09:40:34
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cgspider

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bevan09: 金币+3, ★有帮助 2012-05-20 08:33:36
你跑的哪个区？用的哪个区的引物？900bp的片段也太大了吧？
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你的能力撑不起你的野心
9楼2012-03-05 10:35:09
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bevan09

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10楼2012-03-05 11:56:48
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