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在雨中

金虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bevan09(金币+10): ★★★很有帮助 2012-03-04 16:24:47
1949stone(MolEPI+1): 很不错 2012-03-04 16:28:44

氨氧化细菌的DGGE我做过，但要有GC夹子的引物才可以DGGE电泳。
氨氧化古菌的amoA基因由于加了GC夹子会抑制PCR扩增，所以很多文献推荐不用GC夹子的引物扩增然后DGGE。我试过，DGGE效果很好。
细菌通用引物341F和907R不太适合DGGE，因为它的扩增片段太长了，DGGE不太适合电泳分离。推荐你使用338F和518R。呵呵。
The variable V3 region of the bacterial 16S rDNA gene sequence was amplified using the bacterial universal primers 338f (5’- CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGGCCTACGGGAGGCAGCAG-3’) and 518r (5’-ATTACCGCGGCTGCTGG-3’) (Li et al. 2008)
Li A, Yang S, Li X, Gu J (2008) Microbial population dynamics during aerobic sludge granulation at different organic loading rates. Water Res 42:3552-3560

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5楼2012-03-04 16:16:15

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