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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于PCR-DGGE技术，此技术能分析土壤中的真菌吗？用什么引物好？需要注意什么？
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jinxin435

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2012-03-03 21:17:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

可以的,使用针对18S rrna 和ITS的通用引物,可以自己去网路上找相关文献. 真菌扩增最大的问题就是产物不特异,很容易把细菌一并扩增出来.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
5楼2012-03-04 02:59:37
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tapmun

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
细菌和真菌用的引物不同吧，一个是16S rDNA一个是18S rDNA。
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业精于勤荒于嬉，行成于思而毁于随
11楼2012-03-05 19:14:05
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双双WC

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

不能同时放多条引物，各引物之间退火温度啥的都不一样，而且容易形成引物聚合，可以分开扩增。不过现在有研究报道DGGE中不同条带测序有发现是同一种细菌，同一条带中测序出不同微生物，要想做全面的物种多样性分析，可以先做个特定区的高通量测序，然后再做宏基因组测序。
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17楼2013-05-07 17:22:56
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jinxin435

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2楼2012-03-03 21:29:15
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jiyannangxj

至尊木虫 (著名写手)

美女搞科研

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你不是想要真菌DNA吗？干嘛要放细菌，放线菌的呢？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2012-03-03 22:31:53
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by jinxin435 at 2012-03-03 21:29:15:
还有个问题啊，就是把DNA全部提取出来之后，在pcr扩增时，能否同时放入细菌，真菌，放线菌通用引物进行扩增啊。最后在进行PCR-DGGE？

不行, 你这样跑出来之后都不指导哪条带是细菌的,真菌的还是放线菌的,
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
4楼2012-03-04 02:51:20
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jinxin435

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6楼2012-03-04 13:29:09
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jinxin435

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7楼2012-03-04 13:31:17
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jinxin435

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8楼2012-03-04 13:39:26
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jinxin435

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9楼2012-03-05 11:03:01
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doukezhiwu

木虫 (著名写手)
采用宏基因组测序，不需要你自己扩，提供总DNA就行，公司可替你分析数据，可分土壤微生物群落，很全面。可你老板的花点钞票喽。
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10楼2012-03-05 18:57:55
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