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石城之子木虫 (正式写手)
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[求助]
PCR-DGGE的引物设计
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| 求助环境中分析真菌、细菌、放线菌多样性和种群结构时，采用PCR-DGGE分析时的引物，最好是巢式PCR的引物对。拜谢！ |
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xiadongliang
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zhang8826857(金币+1): 鼓励应助 2011-12-12 15:15:17
石城之子(金币+15): 能否给出相关文献，拜谢！ 2011-12-12 23:19:00
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这都是通用引物。（免费赠送，哈哈） 细菌16S rDNA V3 region 194 bp 338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3 518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3 GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG GGA GGC AGC AG-3 8%凝胶35%-55% 200V 电泳3 h 真菌18S rDNA 340 bp FR1：5-AIC CAT TCA ATC GGT AIT-3 FF390：5-CGA TAA CGA ACG AGA CCT-3 FR1：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG AIC CAT TCA ATC GGT AIT-3 200V 电泳4 h 6%凝胶35%-55% 放线菌 270 bp F243：5- GGA TGA GCC CGC GGC CTA-3 R513：5- CGG CCG CGG CTG CTG GCA CGT A-3 R513：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CGG CCG CGG CTG CTG GCA CGT A-3 6%凝胶35%-55% 200V 电泳3.5 h |
2楼2011-12-12 14:29:04
【答案】应助回帖
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zhang8826857(金币+3): 鼓励新虫 2011-12-12 15:15:24
石城之子(金币+5): 谢谢了啊，能否给我源文献。拜谢啊！ 2011-12-12 23:20:04
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Outer PCR 引物：CA/CT 简并位点 正向引物8f为(5′-ggA gAg TTT gAT CA/CT ggC T-3′) 20bp 反向引物798r为( 5′-CCA ggg TAT CTA ATC CTg TT -3′) 20bp Inner PCR 引物： 341F-GC (5′-cgc ccg ccg cgc gcg gcg ggc ggg gcg ggg gca cgg ggg gCC TAC gCg Agg CAg CAg-3′) 57bp 534R (5′-ATT ACC gCg gCT gCT gg-3′) 17bp 我用过这个 |
3楼2011-12-12 14:56:40
xiadongliang
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