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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » DGGE引物，real-time PCR引物和 clone library引物 的转化问题
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天鸟

木虫 (正式写手)

[交流] DGGE引物，real-time PCR引物和 clone library引物 的转化问题 已有5人参与

DGGE引物，real-time PCR引物和clone library引物 可以相互转化着用吗？
假如我从环境中提取出了总DNA后，我想主要做DGGE的，但是很多文献只有real-time PCR引物和clone library引物，我可以那这些引物，直接接上GC夹来扩展该基因吗？
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快乐生活，我快乐
1楼 2011-10-21 16:18:37
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
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zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-23 15:34:35
这样的基因组 加上DGGE 的方法 应该是做多样性的吧
这方面的文章很多啊   
如果真像你说的 文章很少  我觉得克隆文库的 那个引物街上GC夹子应该能用 至于RTPCR的 那个引物  好像是探针什么的  不大清楚
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2楼2011-10-21 23:56:52
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天鸟

木虫 (正式写手)
谢谢，不知道还有没有其他好的建议？我想做一些功能基因
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快乐生活，我快乐
3楼2011-10-23 10:50:12
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
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zhang8826857(金币+1): 鼓励积极回帖^_^ 2011-10-25 10:15:39
引用回帖:
1楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-10-21 16:18:37:
DGGE引物，real-time PCR引物和clone library引物 可以相互转化着用吗？
假如我从环境中提取出了总DNA后，我想主要做DGGE的，但是很多文献只有real-time PCR引物和clone library引物，我可以那这些引物，直接接上 ...

DGGE的引物很普遍啊，没有特别的。
细菌的采用16S rDNA V3区的引物338F和518R就可以了。细菌DGGE的文献很多，一搜一大堆。
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4楼2011-10-25 09:23:44
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girlfisher

金虫 (小有名气)
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zhang8826857(金币+1): 鼓励积极回帖^_^ 2011-10-25 10:15:48
1. DGGE的片断长度一般小于600bp，常用的V3区引物扩增片断接近200bp，但是短片段造成分类信息不准确，而且一般不能用于建树。
2. clone文库一般用于分析16S rDNA全长
3. 定量PCR产物片断一般小于200bp
4. 只有DGGE用GC夹子，高GC含量导致测序失败。
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5楼2011-10-25 10:14:47
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天鸟

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2011-10-25 09:23:44:
DGGE的引物很普遍啊，没有特别的。
细菌的采用16S rDNA V3区的引物338F和518R就可以了。细菌DGGE的文献很多，一搜一大堆。

但是我想做功能基因的多样性，不是做微生物的多样性
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快乐生活，我快乐
6楼2011-10-25 11:12:51
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
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zhang8826857(金币+1): 鼓励交流^_^ 2011-10-26 09:16:04
那就在你特定基因的引物一端加上夹子，也没有问题。
就是扩增片段不要太长，小于500bp比较好。
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7楼2011-10-26 09:00:01
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在雨中

金虫 (著名写手)
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zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-26 13:27:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-10-25 11:12:51:
但是我想做功能基因的多样性，不是做微生物的多样性

那就找这种功能基因的引物序列，做PCR-DGGE嘛。文献中应该很多的呀。注意加GC夹子。其实不加GC夹子也可以做DGGE，但是跟带GC夹子的引物PCR产物的DGGE图谱有微小区别，条带更弥散。建议还是加GC夹子到引物上。

[ Last edited by 在雨中 on 2011-10-26 at 11:55 ]
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8楼2011-10-26 11:54:01
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ycj0746

银虫 (小有名气)
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zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-11-05 09:24:06
4楼回答比较全面,三引物不能不能通用.DGGE引物带40bpGC夹子,其他两引物没有;三引物扩增的目的片段区域不一致,序列也不相同,长度也不一致,反应的条件及反应体系都不一致.
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9楼2011-11-05 09:17:05
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