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木木人

新虫 (小有名气)

[求助] 请问大家做PCR-DGGE的时候 真菌细菌放线菌 分别用什么引物？ O(∩_∩)O谢谢

问大家做PCR-DGGE的时候 真菌细菌放线菌 分别用什么引物？ O(∩_∩)O谢谢
本人刚接触这个，文献上乱七八糟的，也弄不太明白，有人做过的没？能不能分享一下？跪谢
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1楼 2012-02-14 15:29:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

DGGE

新虫 (初入文坛)
所谓无私奉献，常用引物序列如下：

细菌16S rDNA V3 region  194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG GGA GGC AGC AG-3


真菌18S rDNA          340 bp
FR1：5-AIC CAT TCA ATC GGT AIT-3
FF390：5-CGA TAA CGA ACG AGA CCT-3
GCFR1：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG AIC CAT TCA ATC GGT AIT-3


放线菌                270 bp
F243：5- GGA TGA GCC CGC GGC CTA-3
R513：5- CGG CCG CGG CTG CTG GCA CGT A-3
GCR513：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CGG CCG CGG CTG CTG GCA CGT A-3
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木木人
6楼2012-04-01 10:38:17
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虫子吃草

新虫 (初入文坛)
额  我们用的细菌的通用引物是341F和518R、、、
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9楼2012-05-09 09:20:26
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普通回帖

jinxin435

禁虫 (初入文坛)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
木木人(金币+2): ★★★很有帮助 2012-03-10 09:37:51
本帖内容被屏蔽
2楼2012-03-09 20:24:28
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木木人

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jinxin435 at 2012-03-09 20:24:28:
引物有很多，看你P哪个区了。细菌最好的是338F,518R.真菌也有很多：ITS1，ITS4，放线菌就用细菌的引物

可是我提的是土壤的总DNA啊，放线菌用细菌的通用引物的话,P出来岂不是还是细菌了
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3楼2012-03-10 09:02:03
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jinxin435

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
4楼2012-03-10 10:26:05
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木木人

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jinxin435 at 2012-03-10 10:26:05:
放线菌属于什么啊？本来就属于细菌啊，当然可以用细菌引物

哦 这样啊 谢谢
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5楼2012-03-11 00:09:48
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木木人

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by DGGE at 2012-04-01 10:38:17:
所谓无私奉献，常用引物序列如下：

细菌16S rDNA V3 region  194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG  ...

太谢谢了
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7楼2012-04-02 08:54:05
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foxcl

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by DGGE at 2012-04-01 10:38:17:
所谓无私奉献，常用引物序列如下：

细菌16S rDNA V3 region  194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG  ...

放线菌的PCR条件是多少啊？谢谢啊。
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8楼2012-04-26 09:53:58
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luocongqiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 虫子吃草 at 2012-05-09 09:20:26:
额  我们用的细菌的通用引物是341F和518R、、、

我现在用342f和907呵呵
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10楼2012-05-09 16:51:48
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