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木木人

新虫 (小有名气)

[求助] 请问大家做PCR-DGGE的时候 真菌细菌放线菌 分别用什么引物? O(∩_∩)O谢谢

问大家做PCR-DGGE的时候 真菌细菌放线菌 分别用什么引物? O(∩_∩)O谢谢
本人刚接触这个,文献上乱七八糟的,也弄不太明白,有人做过的没?能不能分享一下?跪谢
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DGGE

新虫 (初入文坛)

所谓无私奉献,常用引物序列如下:

细菌16S rDNA V3 region  194 bp
338F:5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R:5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F:5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT ACG GGA GGC AGC AG-3


真菌18S rDNA          340 bp
FR1:5-AIC CAT TCA ATC GGT AIT-3
FF390:5-CGA TAA CGA ACG AGA CCT-3
GCFR1:5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG AIC CAT TCA ATC GGT AIT-3


放线菌                270 bp
F243:5- GGA TGA GCC CGC GGC CTA-3
R513:5- CGG CCG CGG CTG CTG GCA CGT A-3
GCR513:5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CGG CCG CGG CTG CTG GCA CGT A-3

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6楼2012-04-01 10:38:17
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jinxin435

禁虫 (初入文坛)

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
木木人(金币+2): ★★★很有帮助 2012-03-10 09:37:51
本帖内容被屏蔽

2楼2012-03-09 20:24:28
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木木人

新虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by jinxin435 at 2012-03-09 20:24:28:
引物有很多,看你P哪个区了。细菌最好的是338F,518R.真菌也有很多:ITS1,ITS4,放线菌就用细菌的引物

可是我提的是土壤的总DNA啊,放线菌用细菌的通用引物的话,P出来岂不是还是细菌了
3楼2012-03-10 09:02:03
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jinxin435

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

4楼2012-03-10 10:26:05
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