应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » DGGE引物，real-time PCR引物和 clone library引物 的转化问题
91/1返回列表
查看: 2184  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

天鸟

木虫 (正式写手)

[交流] DGGE引物，real-time PCR引物和 clone library引物 的转化问题 已有5人参与

DGGE引物，real-time PCR引物和clone library引物 可以相互转化着用吗？
假如我从环境中提取出了总DNA后，我想主要做DGGE的，但是很多文献只有real-time PCR引物和clone library引物，我可以那这些引物，直接接上GC夹来扩展该基因吗？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
快乐生活，我快乐
1楼 2011-10-21 16:18:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-23 15:34:35
这样的基因组 加上DGGE 的方法 应该是做多样性的吧
这方面的文章很多啊   
如果真像你说的 文章很少  我觉得克隆文库的 那个引物街上GC夹子应该能用 至于RTPCR的 那个引物  好像是探针什么的  不大清楚
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-10-21 23:56:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天鸟

木虫 (正式写手)
谢谢，不知道还有没有其他好的建议？我想做一些功能基因
赞一下 回复此楼
快乐生活，我快乐
3楼2011-10-23 10:50:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zhang8826857(金币+1): 鼓励积极回帖^_^ 2011-10-25 10:15:39
引用回帖:
1楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-10-21 16:18:37:
DGGE引物，real-time PCR引物和clone library引物 可以相互转化着用吗？
假如我从环境中提取出了总DNA后，我想主要做DGGE的，但是很多文献只有real-time PCR引物和clone library引物，我可以那这些引物，直接接上 ...

DGGE的引物很普遍啊，没有特别的。
细菌的采用16S rDNA V3区的引物338F和518R就可以了。细菌DGGE的文献很多，一搜一大堆。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-10-25 09:23:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zhang8826857(金币+1): 鼓励积极回帖^_^ 2011-10-25 10:15:48
1. DGGE的片断长度一般小于600bp，常用的V3区引物扩增片断接近200bp，但是短片段造成分类信息不准确，而且一般不能用于建树。
2. clone文库一般用于分析16S rDNA全长
3. 定量PCR产物片断一般小于200bp
4. 只有DGGE用GC夹子，高GC含量导致测序失败。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2011-10-25 10:14:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天鸟

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiadongliang at 2011-10-25 09:23:44:
DGGE的引物很普遍啊，没有特别的。
细菌的采用16S rDNA V3区的引物338F和518R就可以了。细菌DGGE的文献很多，一搜一大堆。

但是我想做功能基因的多样性，不是做微生物的多样性
赞一下 回复此楼
快乐生活，我快乐
6楼2011-10-25 11:12:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流^_^ 2011-10-26 09:16:04
那就在你特定基因的引物一端加上夹子，也没有问题。
就是扩增片段不要太长，小于500bp比较好。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-10-26 09:00:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-26 13:27:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-10-25 11:12:51:
但是我想做功能基因的多样性，不是做微生物的多样性

那就找这种功能基因的引物序列，做PCR-DGGE嘛。文献中应该很多的呀。注意加GC夹子。其实不加GC夹子也可以做DGGE，但是跟带GC夹子的引物PCR产物的DGGE图谱有微小区别，条带更弥散。建议还是加GC夹子到引物上。

[ Last edited by 在雨中 on 2011-10-26 at 11:55 ]
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2011-10-26 11:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ycj0746

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-11-05 09:24:06
4楼回答比较全面,三引物不能不能通用.DGGE引物带40bpGC夹子,其他两引物没有;三引物扩增的目的片段区域不一致,序列也不相同,长度也不一致,反应的条件及反应体系都不一致.
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2011-11-05 09:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 天鸟 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 18/900 2026-08-21 11:53 by wuchongjun
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +10 大萍1987 2026-08-20 12/600 2026-08-21 09:31 by 020100099
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭