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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】做DGGE，直接用带夹引物扩增不出来，怎么办？
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xuyong1228

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做DGGE，直接用带夹引物扩增不出来，怎么办？ 已有7人参与

最近在做氨氧化细菌和古菌的试验，用稀释10倍的模板扩增（带夹）不出来，请问有人用不带夹的产物扩增带夹产物的吗?
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1楼 2011-01-02 10:28:18
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在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+6):谢谢交流，补加参与奖励。 2011-01-02 13:13:49
我用不带夹子的引物扩增的很好呀。带上夹子效果一样。
是不是你的模板有问题，或者夹子设计不好？
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2楼2011-01-02 11:07:02
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xuyong1228

木虫 (小有名气)
★
dhd997(金币+1):谢谢交流 2011-01-02 13:14:01
我的模板是土壤DNA，不带夹的能扩增出来，带夹就不行，请问楼上的你是什么样品，带什么夹？
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3楼2011-01-02 11:14:13
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在雨中

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xuyong1228 at 2011-01-02 11:14:13:
我的模板是土壤DNA，不带夹的能扩增出来，带夹就不行，请问楼上的你是什么样品，带什么夹？

我的也是土壤样品。我真的怀疑你的模板稀释后效果差了。。
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4楼2011-01-02 13:24:04
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xuyong1228

木虫 (小有名气)
原浓度模板我也试过，扩增不出来，请问你的PCR程序是？谢谢
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5楼2011-01-02 19:17:07
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匿名

用户注销 (著名写手)
本帖仅楼主可见
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6楼2011-01-03 18:55:27
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daringhong

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我和你遇到同样的问题，而且我是先用不带夹的试的，都试好了，然后一换带夹的，又全部做不出来了~~所以就一直试~~ 土壤样品中杂质比较多，是不好扩，只能慢慢试咯~~ 我试验了2个月，终于出结果了~
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每天进步一点点~~
7楼2011-01-03 21:18:13
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怎么都行

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
先用不带夹的引物扩增，用其PCR产物做模板，再用带夹的引物扩增。
或者直接用带夹的引物，Touch Down PCR, 从60度降到55度，每个循环降低0.5度，再用55度20个循环，我就是这么扩出来的
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8楼2011-01-03 22:34:22
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2010203011

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也正遇到这样的问题，能不能麻烦扩出来的大虾们提供带夹子的引物序列，和扩增条件呀，很感激哦~
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9楼2011-02-15 16:03:07
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ctt1984

木虫 (正式写手)

初学者
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
先用不带夹子的扩，再用不带夹子的扩，可能扩出来，但是不可取。因为DGGE是做微生物多样性的，你这样一来，人为造成了其不准确性！
慢慢摸条件吧，因为土壤里面腐殖质等很多，造成PCR效果不好，可以尝试用天根生产的MIX来做，我试过，自己混的有时候扩不出来，但这个很少出意外，就是价格黑了点。
赞一下(1人) 回复此楼
好好做事，踏实做人！
10楼2011-02-15 17:57:08
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