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xuyong1228

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】做DGGE,直接用带夹引物扩增不出来,怎么办?已有7人参与

最近在做氨氧化细菌和古菌的试验,用稀释10倍的模板扩增(带夹)不出来,请问有人用不带夹的产物扩增带夹产物的吗?
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在雨中

金虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+6):谢谢交流,补加参与奖励。 2011-01-02 13:13:49
我用不带夹子的引物扩增的很好呀。带上夹子效果一样。
是不是你的模板有问题,或者夹子设计不好?
2楼2011-01-02 11:07:02
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xuyong1228

木虫 (小有名气)


dhd997(金币+1):谢谢交流 2011-01-02 13:14:01
我的模板是土壤DNA,不带夹的能扩增出来,带夹就不行,请问楼上的你是什么样品,带什么夹?
3楼2011-01-02 11:14:13
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在雨中

金虫 (著名写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xuyong1228 at 2011-01-02 11:14:13:
我的模板是土壤DNA,不带夹的能扩增出来,带夹就不行,请问楼上的你是什么样品,带什么夹?

我的也是土壤样品。我真的怀疑你的模板稀释后效果差了。。
4楼2011-01-02 13:24:04
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xuyong1228

木虫 (小有名气)

原浓度模板我也试过,扩增不出来,请问你的PCR程序是?谢谢
5楼2011-01-02 19:17:07
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匿名

用户注销 (著名写手)

本帖仅楼主可见
6楼2011-01-03 18:55:27
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daringhong

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我和你遇到同样的问题,而且我是先用不带夹的试的,都试好了,然后一换带夹的,又全部做不出来了~~所以就一直试~~ 土壤样品中杂质比较多,是不好扩,只能慢慢试咯~~ 我试验了2个月,终于出结果了~
每天进步一点点~~
7楼2011-01-03 21:18:13
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怎么都行

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
先用不带夹的引物扩增,用其PCR产物做模板,再用带夹的引物扩增。
或者直接用带夹的引物,Touch Down PCR, 从60度降到55度,每个循环降低0.5度,再用55度20个循环,我就是这么扩出来的
8楼2011-01-03 22:34:22
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2010203011

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我也正遇到这样的问题,能不能麻烦扩出来的大虾们提供带夹子的引物序列,和扩增条件呀,很感激哦~
9楼2011-02-15 16:03:07
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ctt1984

木虫 (正式写手)

初学者


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
先用不带夹子的扩,再用不带夹子的扩,可能扩出来,但是不可取。因为DGGE是做微生物多样性的,你这样一来,人为造成了其不准确性!
慢慢摸条件吧,因为土壤里面腐殖质等很多,造成PCR效果不好,可以尝试用天根生产的MIX来做,我试过,自己混的有时候扩不出来,但这个很少出意外,就是价格黑了点。
好好做事,踏实做人!
10楼2011-02-15 17:57:08
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