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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大家帮忙看一下16S-V3区扩增的电泳图嘛（有关DGGE）
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popfirst

禁虫 (初入文坛)
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1楼2011-11-04 11:34:30
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gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)

嗨
估计MIX有影响，
回复此楼
嗨
2楼2011-11-04 15:24:56
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jipojiong

木虫 (小有名气)
不知道楼主的MARKER的大小？ 个人认为MIX还是分装的酶影响应该不大。感觉做DGGE这个还是用点好酶吧。  
目的条带割胶回收纯化一下 ， 紫外测一下浓度与纯度， 可以的话就能DGGE点样吧？
赞一下 回复此楼
咦~飞碟！！
3楼2011-11-07 08:51:07
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

popfirst(金币+5): 2011-11-27 23:42:51
引用回帖:
1楼: Originally posted by popfirst at 2011-11-04 11:34:30:
如图，
打算是要扩增16S-V3区用于DGGE的，V3区PCR电泳图，跑的是温度梯度，由左至右是65-40℃（汗，本打算设50-65的，点错了）这是跑的效果图，用的是普通的已经混合好的mix。
问：为什么有这么明显的非特异性 ...

这对引物的退火温度应该在55左右 在这个前后试试
td pcr 能更多的扩增到不同的DNA，因为DGGE 是做多样性的方法，当然DNA 多样性越多 更好  所以一般都是DT pcr 跟 DGGE 结合的
3 可以说你做的挺好 上面那个一排很整齐的 是引物二聚体，可能原因是引物浓度过高或者退火温度偏低。引物，如果使用的是20um的 25ul体系加上0.2-0.25ui 就够了 。
再试试。
赞一下 回复此楼
4楼2011-11-09 08:54:09
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