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superadeel

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】细菌V3区PCR出现问题，引物为357和518，用于DGGE！ 已有5人参与

本人做土壤微生物多样性，在做细菌PCR-DGGE时，细菌V3区PCR条带很不正常，希望哪位大侠能帮帮忙看看。。引物为F357和R518，用mix扩的。
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1楼 2010-09-12 22:09:12
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zzxmbbzx

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好啊,hehe
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2楼2010-09-12 22:23:54
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一笑35

铁虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-12 22:09:12:
本人做土壤微生物多样性，在做细菌PCR-DGGE时，细菌V3区PCR条带很不正常，希望哪位大侠能帮帮忙看看。。引物为F357和R518，用mix扩的。

感觉还可以啊，就是条带有点宽，可能是你提的DNA不纯导致的。
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努力学习，充实自己！
3楼2010-09-13 08:41:01
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在雨中

金虫 (著名写手)
★
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挺好的.我觉得做细菌的PCR-DGGE.如果没有更高的测序要求,用引物338 518是最好的选择.
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4楼2010-09-13 18:01:01
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superadeel

新虫 (初入文坛)

我感觉这个PCR有问题，DGGE后测序测不出来

引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2010-09-13 18:01:01:
挺好的.我觉得做细菌的PCR-DGGE.如果没有更高的测序要求,用引物338 518是最好的选择.

你所说的更高的测序要求是什么，我正是因为DGGE切胶后PCR产物测序测不出来，所以我怀疑这个PCR是不是不好，之前实验室有人做过，能测出来，但是到我这里就不行了，一直没有测出来。   能不能给点建议！！谢谢
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5楼2010-09-13 22:08:45
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在雨中

金虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-13 22:08:45:


你所说的更高的测序要求是什么，我正是因为DGGE切胶后PCR产物测序测不出来，所以我怀疑这个PCR是不是不好，之前实验室有人做过，能测出来，但是到我这里就不行了，一直没有测出来。   能不能给点建议！！谢谢

V3区的338,518引物做DGGE效果非常好,因为它段,特异性好.但是正是因为短,所以不适合切胶测序.
现在很多人都不太主张使用DGGE切胶测序了.可以使用DGGE看下群落结构演替.但使用长片段DNA克隆测序.这样准确些.
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6楼2010-09-14 10:40:52
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superadeel

新虫 (初入文坛)
你的意思是用长一点的片段进行DGGE，然后再进行切胶克隆测序，还是说用其他的方法?
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2010-09-14 10:40:52:


V3区的338,518引物做DGGE效果非常好,因为它段,特异性好.但是正是因为短,所以不适合切胶测序.
现在很多人都不太主张使用DGGE切胶测序了.可以使用DGGE看下群落结构演替.但使用长片段DNA克隆测序.这样准确些.

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7楼2010-09-15 09:26:54
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在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
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lstt09nk(金币+2):鼓励下，欢迎常来~ 2010-09-15 09:43:19
引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-15 09:26:54:
你的意思是用长一点的片段进行DGGE，然后再进行切胶克隆测序，还是说用其他的方法?

较长的PCR片段进行DGGE,也许得到的图谱不太好看,因为PCR片段很难得到完全分离.较短的PCR片段,比如 338,518引物,分离的则比较好,图谱也好看些.
如果非得DGGE切胶测序,那就用长一点的引物吧,碱基信息多一些.
如果重点是得到群落图谱,短引物好,但测序结果很多不确切.
一家之言.
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8楼2010-09-15 09:34:43
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waldenpond

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你这个目的条带对不对？你的marker是多少的啊？
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9楼2012-07-06 17:08:50
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