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superadeel

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】细菌V3区PCR出现问题,引物为357和518,用于DGGE! 已有5人参与

本人做土壤微生物多样性,在做细菌PCR-DGGE时,细菌V3区PCR条带很不正常,希望哪位大侠能帮帮忙看看。。引物为F357和R518,用mix扩的。
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在雨中

金虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):鼓励下,欢迎常来~ 2010-09-15 09:43:19
引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-15 09:26:54:
你的意思是用长一点的片段进行DGGE,然后再进行切胶克隆测序,还是说用其他的方法?

较长的PCR片段进行DGGE,也许得到的图谱不太好看,因为PCR片段很难得到完全分离.较短的PCR片段,比如 338,518引物,分离的则比较好,图谱也好看些.
如果非得DGGE切胶测序,那就用长一点的引物吧,碱基信息多一些.
如果重点是得到群落图谱,短引物好,但测序结果很多不确切.
一家之言.
8楼2010-09-15 09:34:43
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一笑35

铁虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-12 22:09:12:
本人做土壤微生物多样性,在做细菌PCR-DGGE时,细菌V3区PCR条带很不正常,希望哪位大侠能帮帮忙看看。。引物为F357和R518,用mix扩的。

感觉还可以啊,就是条带有点宽,可能是你提的DNA不纯导致的。
努力学习,充实自己!
3楼2010-09-13 08:41:01
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在雨中

金虫 (著名写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
挺好的.我觉得做细菌的PCR-DGGE.如果没有更高的测序要求,用引物338 518是最好的选择.
4楼2010-09-13 18:01:01
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superadeel

新虫 (初入文坛)

我感觉这个PCR有问题,DGGE后测序测不出来

引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2010-09-13 18:01:01:
挺好的.我觉得做细菌的PCR-DGGE.如果没有更高的测序要求,用引物338 518是最好的选择.

你所说的更高的测序要求是什么,我正是因为DGGE切胶后PCR产物测序测不出来,所以我怀疑这个PCR是不是不好,之前实验室有人做过,能测出来,但是到我这里就不行了,一直没有测出来。   能不能给点建议!!谢谢
5楼2010-09-13 22:08:45
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