应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】细菌V3区PCR出现问题，引物为357和518，用于DGGE！
91/1返回列表
查看: 2339  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

superadeel

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】细菌V3区PCR出现问题，引物为357和518，用于DGGE！ 已有5人参与

本人做土壤微生物多样性，在做细菌PCR-DGGE时，细菌V3区PCR条带很不正常，希望哪位大侠能帮帮忙看看。。引物为F357和R518，用mix扩的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-12 22:09:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzxmbbzx

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好啊,hehe
回复此楼
2楼2010-09-12 22:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一笑35

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-12 22:09:12:
本人做土壤微生物多样性，在做细菌PCR-DGGE时，细菌V3区PCR条带很不正常，希望哪位大侠能帮帮忙看看。。引物为F357和R518，用mix扩的。

感觉还可以啊，就是条带有点宽，可能是你提的DNA不纯导致的。
赞一下(1人) 回复此楼
努力学习，充实自己！
3楼2010-09-13 08:41:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

在雨中

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
挺好的.我觉得做细菌的PCR-DGGE.如果没有更高的测序要求,用引物338 518是最好的选择.
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-09-13 18:01:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superadeel

新虫 (初入文坛)

我感觉这个PCR有问题，DGGE后测序测不出来

引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2010-09-13 18:01:01:
挺好的.我觉得做细菌的PCR-DGGE.如果没有更高的测序要求,用引物338 518是最好的选择.

你所说的更高的测序要求是什么，我正是因为DGGE切胶后PCR产物测序测不出来，所以我怀疑这个PCR是不是不好，之前实验室有人做过，能测出来，但是到我这里就不行了，一直没有测出来。   能不能给点建议！！谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2010-09-13 22:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

在雨中

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-13 22:08:45:


你所说的更高的测序要求是什么，我正是因为DGGE切胶后PCR产物测序测不出来，所以我怀疑这个PCR是不是不好，之前实验室有人做过，能测出来，但是到我这里就不行了，一直没有测出来。   能不能给点建议！！谢谢

V3区的338,518引物做DGGE效果非常好,因为它段,特异性好.但是正是因为短,所以不适合切胶测序.
现在很多人都不太主张使用DGGE切胶测序了.可以使用DGGE看下群落结构演替.但使用长片段DNA克隆测序.这样准确些.
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-09-14 10:40:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superadeel

新虫 (初入文坛)
你的意思是用长一点的片段进行DGGE，然后再进行切胶克隆测序，还是说用其他的方法?
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2010-09-14 10:40:52:


V3区的338,518引物做DGGE效果非常好,因为它段,特异性好.但是正是因为短,所以不适合切胶测序.
现在很多人都不太主张使用DGGE切胶测序了.可以使用DGGE看下群落结构演替.但使用长片段DNA克隆测序.这样准确些.

赞一下 回复此楼
7楼2010-09-15 09:26:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):鼓励下，欢迎常来~ 2010-09-15 09:43:19
引用回帖:
Originally posted by superadeel at 2010-09-15 09:26:54:
你的意思是用长一点的片段进行DGGE，然后再进行切胶克隆测序，还是说用其他的方法?

较长的PCR片段进行DGGE,也许得到的图谱不太好看,因为PCR片段很难得到完全分离.较短的PCR片段,比如 338,518引物,分离的则比较好,图谱也好看些.
如果非得DGGE切胶测序,那就用长一点的引物吧,碱基信息多一些.
如果重点是得到群落图谱,短引物好,但测序结果很多不确切.
一家之言.
赞一下(3人) 回复此楼
8楼2010-09-15 09:34:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

waldenpond

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你这个目的条带对不对？你的marker是多少的啊？
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-06 17:08:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 superadeel 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿天大材料与化工（085600）总分338 +4 蔡大美女 2026-03-13 4/200 2026-03-18 22:47 by walc
[考研] 一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂 +4 守候夕阳CF 2026-03-18 4/200 2026-03-18 22:16 by li123456789.
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 9/450 2026-03-18 15:05 by stone_128
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭