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dovekaoyan

木虫 (正式写手)

[求助] 要做DGGE，真菌有没有通用引物？

如题，细菌做DGGE一般是用16S，真菌的有没有，ITS还是18S，GC夹要用什么？我已经找了好多文献都没有找到，给出序列或者含序列的文献，金币全奉送，谢谢
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1楼 2011-11-04 13:42:17
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gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)

嗨
参看我们的文章
Deng WD, Xi DM, Mao HM, Wanapat M. 2008. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies: a review. Molecular Biology Reports. 35(2):265-274.


GC夹子是用于DGGE是拉开档次，便于分型鉴定
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嗨
2楼2011-11-04 15:23:35
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gayalynau at 2011-11-04 15:23:35:
参看我们的文章
Deng WD, Xi DM, Mao HM, Wanapat M. 2008. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies: a review. Molecular Biology Reports. 3 ...

谢谢 但文章里面没有我要的内容
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3楼2011-11-04 16:14:03
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gayalynau

铁杆木虫 (著名写手)

嗨
里关于DGGE的原文你应该系在后看看
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嗨
4楼2011-11-04 17:19:14
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冰鱼儿

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

ITS序列和18S 就可以啊
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5楼2011-11-04 17:27:50
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在雨中

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

dovekaoyan(金币+5): GC-Fung和NS1这一对我有，不知道你用过的ITS和18S的序列是什么？我知道很多，但是不晓得那一对是通用的，GC夹是什么序列，加在哪里？ 2011-11-07 16:55:54
引用回帖:
1楼: Originally posted by dovekaoyan at 2011-11-04 13:42:17:
如题，细菌做DGGE一般是用16S，真菌的有没有，ITS还是18S，GC夹要用什么？我已经找了好多文献都没有找到，给出序列或者含序列的文献，金币全奉送，谢谢

看到一篇文章中有真菌18S rDNA 的通用PCR引物，GC-Fung和NS1。这对引物应该是扩增效果最好的真菌通用引物，我们实验室曾经比较过几种，后来选啦这对。
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6楼2011-11-05 09:21:46
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在雨中

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Jiachao Zhang, Guangming Zeng, Yaoning Chen, Man Yu, Zhen Yu , Hui Li , Yong Yu , Hongli Huang. Effects of physico-chemical parameters on the bacterial and fungal communities during agricultural waste composting。 Bioresource Technology. 2011.102:2950-2956.
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7楼2011-11-05 09:23:12
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