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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 实验讨论 » 做DGGE的土壤样品保存问题
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 做DGGE的土壤样品保存问题

RT
100bb求助啊。本人要做DGGE，但是土壤样品已经在-20度保存了将近半年时间，而且土样因为含水量低，并没有被冻住，想问问在这种情况下，能做DGGE吗
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1楼2011-11-03 08:09:32
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)
各位大哥大姐请不吝赐教啊
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2楼2011-11-03 08:18:42
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)
帮帮忙啊
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3楼2011-11-03 08:34:48
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)
4楼2011-11-03 08:40:43
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ranerris

金虫 (正式写手)

帮忙顶一下.
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5楼2011-11-03 08:52:20
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)
给解答一下吧
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6楼2011-11-03 08:54:26
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bkf2004

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liuxing1-1(金币+1): 2011-11-03 16:29:59
可以的。我做过一年的样品，实在不行，你可以多次收集DNA样品，然后浓缩富集就可以了
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7楼2011-11-03 16:29:05
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

liuxing1-1(金币+5): 2011-11-04 08:16:29
你看看啊，你是做DGGE，应该是想拿到丰富性的，其实最理想的是，你想得到什么阶段的土壤样品的多样性，就应该在那个阶段分离足够你用的DNA，然后保存DNA就OK了。

如果你想得到准确的结果，我强烈建议你重新取样！
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致良知
8楼2011-11-03 22:37:17
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

liuxing1-1(金币+5): 2011-11-09 09:13:27
引用回帖:
1楼: Originally posted by liuxing1-1 at 2011-11-03 08:09:32:
RT
100bb求助啊。本人要做DGGE，但是土壤样品已经在-20度保存了将近半年时间，而且土样因为含水量低，并没有被冻住，想问问在这种情况下，能做DGGE吗

额 同行
土壤微生物群落多样性用DGGE 来做 我目前也是这样
不过我在思考一个问题。DGGE 的分辨能力 有那么高么？？ 我做过最多的是 在一个泳道出现30几条带  但是用脚趾头都能想到土壤里面的微生物群落 肯定不止这么点 就算是土壤在冻了很久之后也不至于只剩这么点存活
所以  DGGE 的分辨能力 很低 用来做小环境的微生物数量有限的样品的时候 很有优势 要是做土壤  我去 ，真TMD 不靠谱    悲催的   可惜我一开始就选错了 路


建议 去做高通量测序。每个样品平均测个1000-2000 条   是目前较为理想的多样性研究方法。
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9楼2011-11-09 08:59:10
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-11-09 08:59:10:
额 同行
土壤微生物群落多样性用DGGE 来做 我目前也是这样
不过我在思考一个问题。DGGE 的分辨能力 有那么高么？？ 我做过最多的是 在一个泳道出现30几条带  但是用脚趾头都能想到土壤里面的微生物群落 肯定不 ...

同意你的看法，现在正准备做高通量
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10楼2011-11-09 09:13:48
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