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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求教DGGE相关的基本问题（做过的请指教）
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)

[求助] 求教DGGE相关的基本问题（做过的请指教）

我要分析海洋中获得的微生物样品中微生物的种类，里面可能有细菌、真菌、藻类等，想先做DGGE，请问应用什么引物，细菌16S的通用引物？还是真菌的ITS通用引物？还是两者可以同时使用？“合成的引物最好在5‘端加上40个碱基左右的G-C串”这是什么意思，请举例说明一下什么是GC串？
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1楼2011-08-11 14:07:38
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海绵控

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
1949stone(金币+1): 鼓励 2011-08-11 18:11:00
dovekaoyan(金币+1): 2011-08-12 09:27:40
我是做PCR的，如果你两种引物都用，那就是双重PCR了，而且，我没见过双重PCR与变性梯度凝胶电泳相结合的文献，不过挺可行的。GC串应该就是GC重复，这个还没做过
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2楼2011-08-11 15:18:56
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zhangxianqin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-08-16 11:39:11
dovekaoyan(金币+3): 2011-08-16 20:24:29
GC就是一段含GC的重复序列，一般很多文章里面都有，看看文章就知道了。我们真菌和细菌是分开跑的，细菌跑的16s，真菌跑的ITS.
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3楼2011-08-16 10:10:42
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-16 10:10:42:
GC就是一段含GC的重复序列，一般很多文章里面都有，看看文章就知道了。我们真菌和细菌是分开跑的，细菌跑的16s，真菌跑的ITS.

一般引物都是二十几个bp,这里在5‘端就加40bp，感觉有点儿不可思议，请问这样没关系吗？
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4楼2011-08-16 20:24:17
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zhangxianqin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

dovekaoyan(金币+2): 谢谢 2011-08-17 09:21:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by dovekaoyan at 2011-08-16 20:24:17:
一般引物都是二十几个bp,这里在5‘端就加40bp，感觉有点儿不可思议，请问这样没关系吗？

要是没有40bp，就不能跑DGGE了，就跟一般的没什么区别了。
GC夹（GC clamp）就是在一侧引物的5′端加上一个30~40bp的GC结构，这样在PCR产物的一侧可产生一个高熔点区，其他部分就处在低温解链区从而可以对其进分析。
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5楼2011-08-17 09:10:20
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-17 09:10:20:
要是没有40bp，就不能跑DGGE了，就跟一般的没什么区别了。
GC夹（GC clamp）就是在一侧引物的5′端加上一个30~40bp的GC结构，这样在PCR产物的一侧可产生一个高熔点区，其他部分就处在低温解链区从而可以对其进分 ...

您的意思是DGGE用的16S和18S的引物，比我们跑普通PCR的引物要长吗？
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6楼2011-08-17 09:22:36
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看看文献就知道了。
DGGE引物就是普通的PCR引物的正向或反向引物的5端加了一个40bp的GC夹子
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7楼2011-08-17 09:26:22
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zhangxianqin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

dovekaoyan(金币+2): 谢谢 2011-08-25 08:35:33
引用回帖:
6楼: Originally posted by dovekaoyan at 2011-08-17 09:22:36:
您的意思是DGGE用的16S和18S的引物，比我们跑普通PCR的引物要长吗？

在正向或者反向上面加了GC夹板肯定要长呀！
一般的PCR用不着这个吧！
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8楼2011-08-17 13:53:34
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在雨中

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-16 10:10:42:
GC就是一段含GC的重复序列，一般很多文章里面都有，看看文章就知道了。我们真菌和细菌是分开跑的，细菌跑的16s，真菌跑的ITS.

请高手告诉下您的真菌ITS做DGGE的PCR引物序列好吗？非常感谢。
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9楼2012-01-09 09:48:21
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