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dovekaoyan

木虫 (正式写手)

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专业: 环境微生物学

[求助] 求教DGGE相关的基本问题（做过的请指教）

我要分析海洋中获得的微生物样品中微生物的种类，里面可能有细菌、真菌、藻类等，想先做DGGE，请问应用什么引物，细菌16S的通用引物？还是真菌的ITS通用引物？还是两者可以同时使用？“合成的引物最好在5‘端加上40个碱基左右的G-C串”这是什么意思，请举例说明一下什么是GC串？

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1楼2011-08-11 14:07:38

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dovekaoyan

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引用回帖:

5楼: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-17 09:10:20:
要是没有40bp，就不能跑DGGE了，就跟一般的没什么区别了。
GC夹（GC clamp）就是在一侧引物的5′端加上一个30~40bp的GC结构，这样在PCR产物的一侧可产生一个高熔点区，其他部分就处在低温解链区从而可以对其进分 ...

您的意思是DGGE用的16S和18S的引物，比我们跑普通PCR的引物要长吗？