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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)

[求助] 求教DGGE相关的基本问题(做过的请指教)

我要分析海洋中获得的微生物样品中微生物的种类,里面可能有细菌、真菌、藻类等,想先做DGGE,请问应用什么引物,细菌16S的通用引物?还是真菌的ITS通用引物?还是两者可以同时使用?“合成的引物最好在5‘端加上40个碱基左右的G-C串”这是什么意思,请举例说明一下什么是GC串?
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zhangxianqin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

dovekaoyan(金币+2): 谢谢 2011-08-17 09:21:06
引用回帖:
4楼: Originally posted by dovekaoyan at 2011-08-16 20:24:17:
一般引物都是二十几个bp,这里在5‘端就加40bp,感觉有点儿不可思议,请问这样没关系吗?

要是没有40bp,就不能跑DGGE了,就跟一般的没什么区别了。
GC夹(GC clamp)就是在一侧引物的5′端加上一个30~40bp的GC结构,这样在PCR产物的一侧可产生一个高熔点区,其他部分就处在低温解链区从而可以对其进分析。
5楼2011-08-17 09:10:20
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海绵控

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


1949stone(金币+1): 鼓励 2011-08-11 18:11:00
dovekaoyan(金币+1): 2011-08-12 09:27:40
我是做PCR的,如果你两种引物都用,那就是双重PCR了,而且,我没见过双重PCR与变性梯度凝胶电泳相结合的文献,不过挺可行的。GC串应该就是GC重复,这个还没做过
2楼2011-08-11 15:18:56
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zhangxianqin

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-08-16 11:39:11
dovekaoyan(金币+3): 2011-08-16 20:24:29
GC就是一段含GC的重复序列,一般很多文章里面都有,看看文章就知道了。我们真菌和细菌是分开跑的,细菌跑的16s,真菌跑的ITS.
3楼2011-08-16 10:10:42
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dovekaoyan

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangxianqin at 2011-08-16 10:10:42:
GC就是一段含GC的重复序列,一般很多文章里面都有,看看文章就知道了。我们真菌和细菌是分开跑的,细菌跑的16s,真菌跑的ITS.

一般引物都是二十几个bp,这里在5‘端就加40bp,感觉有点儿不可思议,请问这样没关系吗?
4楼2011-08-16 20:24:17
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