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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 关于PCR-DGGE技术，此技术能分析土壤中的真菌吗？用什么引物好？需要注意什么？
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tapmun

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
细菌和真菌用的引物不同吧，一个是16S rDNA一个是18S rDNA。
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业精于勤荒于嬉，行成于思而毁于随
11楼2012-03-05 19:14:05
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foxmygod

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
细菌、真菌的DGGE要分开做！
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12楼2012-04-22 01:48:26
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nier6566

新虫 (初入文坛)
请问楼主，最后找到细菌真菌的通用引物没有？我跟你一样只需分析微生物群落的多样性
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13楼2012-05-15 20:47:46
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sl-water

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

试试宏基因组，我也打算做呢！
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上善若水，水善利万物而不争，处众人之所恶，故几于道。
14楼2012-05-16 23:40:38
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SoulBreak

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

不能全部一起PCR的  你设计了真菌 细菌 放线菌的引物后 分别PCR   DGGE也是分别跑   能明白我意思么
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15楼2012-05-28 10:44:49
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侯云hy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kiruwa at 2012-03-04 02:59:37
可以的,使用针对18S rrna 和ITS的通用引物,可以自己去网路上找相关文献. 真菌扩增最大的问题就是产物不特异,很容易把细菌一并扩增出来.

容易把细菌扩出来，那该怎样避免呢？
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16楼2012-06-09 11:11:49
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双双WC

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

不能同时放多条引物，各引物之间退火温度啥的都不一样，而且容易形成引物聚合，可以分开扩增。不过现在有研究报道DGGE中不同条带测序有发现是同一种细菌，同一条带中测序出不同微生物，要想做全面的物种多样性分析，可以先做个特定区的高通量测序，然后再做宏基因组测序。
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17楼2013-05-07 17:22:56
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heijiwang

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by doukezhiwu at 2012-03-05 18:57:55
采用宏基因组测序，不需要你自己扩，提供总DNA就行，公司可替你分析数据，可分土壤微生物群落，很全面。可你老板的花点钞票喽。

正解 ，但是 钱花的比较多 也是目前比较流行的方法
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18楼2013-06-28 12:48:39
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

肯定不能放三种菌的引物啊，一种一种扩吧，孩纸。有条件可以做biolog的，祝好运
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但行好事，莫问前程
19楼2013-06-28 12:59:20
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zq347597638

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

亲
你这样不是把所有的引物都放在一起，你是分开做，真菌的引物，细菌的引物，放线菌的引物，都单独PCR，再将PCR结果跑胶啊……这样可以看出你土壤中的细菌、真菌分布，优势菌群之类的。
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20楼2013-06-29 16:16:09
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