24小时热门版块排行榜    

查看: 2077  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


[交流] 关于341F和534R引物的

这个问题一直都没有搞明白。
我的试验主要研究高氯酸盐还原混合菌。富集驯化的原泥来自于一般污水处理厂二沉池回流污泥。我做PCR-DGGE后,切胶,纯化,克隆,测序,建树。这套方法是沿用原先我们组有人用341F和534R来解析堆肥过程中微生物群落的变化。所以,测序结果基因片段长度都在180bp左右。用测序结果和NCBI中进行比对,几乎最大的MAX Ident的纯菌都是不可培养的,所以无法建立系统发育树,并且NCBI中高氯酸盐还原菌的片段在很长。看了大量关于高氯酸盐还原菌的文章,目前,没有用这套引物做这种菌的。文献中主要分为两类引物:一类是通用引物,27F和1429R,PCR后纯化,做克隆,建立文库,送出测序。一类是用功能性酶基因来设计引物。实在搞不明白,为啥没有人用341F和534R引物来做高氯酸盐还原菌?选择引物时,怎样根据自己研究的具体微生物来选择?是否要参考以上传到NCBI中纯菌的片段的大小来选择自己引物?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by smiled001 at 2011-09-07 19:17:41:
如果你是研究特定细菌,是不是在比对的时候可以剔除掉不可培养的细菌,

主要比对时,根本就找不到纯菌,出来的都是不可培养的。另外,貌似,大家都在用341F和534R,难道就没有人用过其它通用引物
5楼2011-09-08 10:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

vs570588

木虫 (正式写手)


没有人回答,难道我叙述哪里有问题吗
2楼2011-09-07 13:22:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rb

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
vs570588(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励讨论,很认真的回复,感谢! 2011-09-07 20:38:07
不是这个专业的,根据你的描述进行推断,如果进行菌落差异的检测那么片段需要稍微长一点才能找到SNP或mutation,而341F和534R产物长度只有183bp,当然效果不理想了。27F和1429R产物有1422bp就可能找到更多的位点了。
3楼2011-09-07 15:54:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smiled001

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
vs570588(金币+1):谢谢参与
adslye(金币+2): 鼓励新虫讨论,以后是不是可以说多点,把一句话说完(你最后是逗号哦~) 2011-09-07 20:38:53
本帖内容被屏蔽

4楼2011-09-07 19:17:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见