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关于341F和534R引物的
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这个问题一直都没有搞明白。 我的试验主要研究高氯酸盐还原混合菌。富集驯化的原泥来自于一般污水处理厂二沉池回流污泥。我做PCR-DGGE后，切胶，纯化，克隆，测序，建树。这套方法是沿用原先我们组有人用341F和534R来解析堆肥过程中微生物群落的变化。所以，测序结果基因片段长度都在180bp左右。用测序结果和NCBI中进行比对，几乎最大的MAX Ident的纯菌都是不可培养的，所以无法建立系统发育树，并且NCBI中高氯酸盐还原菌的片段在很长。看了大量关于高氯酸盐还原菌的文章，目前，没有用这套引物做这种菌的。文献中主要分为两类引物：一类是通用引物，27F和1429R，PCR后纯化，做克隆，建立文库，送出测序。一类是用功能性酶基因来设计引物。实在搞不明白，为啥没有人用341F和534R引物来做高氯酸盐还原菌？选择引物时，怎样根据自己研究的具体微生物来选择？是否要参考以上传到NCBI中纯菌的片段的大小来选择自己引物？ |
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