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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 兼并引物 里边有多个兼并碱基好吗？
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XI4ZHL

铜虫 (著名写手)

[求助] 兼并引物 里边有多个兼并碱基好吗？

这是我设计的兼并引物，大家给看看这样行吗？谢谢，给点意见就给分，谢谢
上游：AATTCARCACCCAACAGC
下游：TTTBGKRAGRGCATCTAA
欢迎大家参与，参与有礼，谢绝纯表！

[ Last edited by XI4ZHL on 2012-4-17 at 10:10 ]
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心，是用来使用的，不能搁浅！
1楼2012-04-17 10:08:53
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回帖置顶 ( 共有2个 )

char0523

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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XI4ZHL: 回帖置顶 2012-04-17 19:19:32
西瓜: 金币+2, 鼓励！ 2012-04-17 19:28:11
mengfei8336: 金币+5, 谢谢分享 2012-04-17 19:48:38
一条兼并引物里不要超过2个碱基，不然扩增起来比较麻烦，不特异，3’端后十个碱基最好不要兼并。楼主设计的引物勉强可用！


PS：应助是啥？？？
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6楼2012-04-17 15:42:20
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
XI4ZHL: 回帖置顶 2012-04-17 19:23:33
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-17 19:28:19
mengfei8336: 金币+10, 谢谢分享 2012-04-17 19:50:50
上游引物看起来挺好，但下游引物不太好，其一两个兼并碱基连着应该不太好吧，可在密码子偏好性网站上查一下该物种的偏好密码子（http://www.kazusa.or.jp/codon/），或者你把下游引物设成几条以降低碱并度，另外引物的3端最好不要有A吧
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7楼2012-04-17 18:16:14
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chibang1220 at 2012-04-17 10:40:44:
应该没什么问题吧，我做完了都去拿给师兄或师姐看的，查不多

那我就试试吧，希望能扩出来！
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心，是用来使用的，不能搁浅！
9楼2012-04-17 19:16:29
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普通回帖

love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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大哥，没看到你上面有简并的地方啊
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2楼2012-04-17 10:11:07
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匿名

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★ ★
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XI4ZHL: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-04-17 19:15:57
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3楼2012-04-17 10:34:57
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chibang1220

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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XI4ZHL: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-04-17 19:16:52
应该没什么问题吧，我做完了都去拿给师兄或师姐看的，查不多
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人的差别在于业余时间
4楼2012-04-17 10:40:44
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AnaSequence

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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XI4ZHL: 金币+16, ★★★很有帮助, 2 2012-04-17 19:19:07
单从引物看，其中一条引物简并度低,另一条也不算高,如果没理解错的话，3`端8个碱基没有简并，总的看起来不错。除非如果模板来源生物的目的片段不在简并序列中，不然很可能会扩增到。
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5楼2012-04-17 15:24:06
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XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 472072112 at 2012-04-17 10:34:57:
引物有点短，简并碱基最好不要连着……

连着这几个还行吗，一般来说能行吗，我设的这个，谢谢
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心，是用来使用的，不能搁浅！
8楼2012-04-17 19:15:30
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XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by AnaSequence at 2012-04-17 15:24:06:
单从引物看，其中一条引物简并度低,另一条也不算高,如果没理解错的话，3`端8个碱基没有简并，总的看起来不错。除非如果模板来源生物的目的片段不在简并序列中，不然很可能会扩增到。

恩，那就试试吧， 他们说最好不要又连着的兼并碱基，不知我这个连着的两个好不好？谢谢！
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心，是用来使用的，不能搁浅！
10楼2012-04-17 19:18:39
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