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nestzhao

木虫 (小有名气)

[求助] 测序结果发现,在引物位置多了一位碱基,是什么原因引起的?

今天收到测序结果,发现在我的目标片段的引物的位置,多了一位碱基。不知道是什么原因引起的??是测序引起的问题,还是引物本身就有问题??遇到这种情况该怎么处理呢?请各位指教啊!

测序是克隆后去测序的,直接送的是菌液,测序引物用的是通用引物
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给力2011
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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nestzhao(金币+3): 2011-12-11 23:12:40
西瓜: 回帖置顶 2011-12-12 17:24:16
西瓜(金币+2): Good!除去引物的问题,PCR本身也有一定的概率会出错,所以克隆时尽量用高保真酶。一般就如panda73所言,多挑几个克隆去测序就好。 2011-12-12 17:29:35
利用PCR进行基因扩增和克隆时,经常出现在引物区的突变,原因主要是引物合成质量不高(缺失或插入),多挑几个阳性克隆进行测序,就好了
4楼2011-12-11 22:51:14
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中国药人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜: 回帖置顶 2011-12-14 16:08:56
西瓜(金币+1): 鼓励反馈!普通Taq酶的错误率有1/1000,做克隆时最好选用高保真酶,如Pfu酶或者混合酶等。 2011-12-14 16:14:06
引用回帖:
10楼: Originally posted by nestzhao at 2011-12-12 22:41:51:
后来怎么处理的啊?重新选克隆送样测序??

我选了三个克隆啊,测序另外三个都没有问题,只有一个的引物处的酶酶切位点少了一个碱基,而且这个克隆提的质粒双酶切切出的目的片段电泳图比别的克隆大,所以可以肯定是Taq酶有问题。
有容德乃大,无求品自高。
16楼2011-12-14 00:42:16
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匿名

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nestzhao(金币+1): 2011-12-11 22:26:02
本帖仅楼主可见
2楼2011-12-11 22:21:57
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nestzhao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
楼: Originally posted by mengfei8336 at 2011-12-11 22:21:57:
不明白你的具体意思,如果多出来的碱基是在目的基因外的,那就无妨。你的目的基因多大?有时DNA过长的话在两端会出现一些错误,是正常的。

我这个多出来的碱基是在片段内的,我觉得这个片段大小应该不是问题,我测序是测了多个反应的,然后再拼接的。这个多出来的碱基位于下游引物的位置的中间。测序是双向测通的。
给力2011
3楼2011-12-11 22:25:54
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nestzhao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
楼: Originally posted by panda73 at 2011-12-11 22:51:14:
利用PCR进行基因扩增和克隆时,经常出现在引物区的突变,原因主要是引物合成质量不高(缺失或插入),多挑几个阳性克隆进行测序,就好了

这样的啊。。。那我再去试试
给力2011
5楼2011-12-11 23:12:34
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lijuanwang

铜虫 (小有名气)

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★ ★
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wanhscn(金币+2): 有道理! 2011-12-12 00:37:15
nestzhao(金币+2): 2011-12-12 08:44:05
也有可能是测序的问题,对照测序的峰值图,检查一下测序的效果如何。多测几个更好。
6楼2011-12-11 23:26:26
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nestzhao

木虫 (小有名气)

西瓜: 峰比较锐利,重叠小,效果就是好的。 2011-12-12 17:24:58
引用回帖:
楼: Originally posted by lijuanwang at 2011-12-11 23:26:26:
也有可能是测序的问题,对照测序的峰值图,检查一下测序的效果如何。多测几个更好。

我不知道怎样才叫测序效果好,但我看过他的峰图,每个峰的分离效果还是不错的,没有重叠什么的
给力2011
7楼2011-12-12 08:45:33
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中国药人

金虫 (小有名气)

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nestzhao(金币+1): 2011-12-12 22:41:57
前几天我的克隆也送测序了,挑了四个克隆,有一个在引物处的酶切位点少了一个碱基,其他的测序都正常,这个与taq酶的质量有很大的关系。
有容德乃大,无求品自高。
8楼2011-12-12 19:05:08
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wx1119

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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nestzhao(金币+1): 2011-12-12 22:42:34
我的测序结果也遇到过,不过没关系的没有影响!
9楼2011-12-12 19:56:20
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nestzhao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
楼: Originally posted by 中国药人 at 2011-12-12 19:05:08:
前几天我的克隆也送测序了,挑了四个克隆,有一个在引物处的酶切位点少了一个碱基,其他的测序都正常,这个与taq酶的质量有很大的关系。

后来怎么处理的啊?重新选克隆送样测序??
给力2011
10楼2011-12-12 22:41:51
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