24小时热门版块排行榜    

查看: 1688  |  回复: 7

695

木虫 (职业作家)

[交流] 测序关于碱基的确定 已有1人参与

现在我的RACE基本就快确定了,序列也拼接的差不多了,但是现在遇到两个碱基差异的问题,还望有经验的虫友多多指教!

具体问题是,在我的overlapping fragment上,有两个碱基与我的5RACE产物测序不一致,具体表现在1.多出了一个碱基C;2.原有CDS序列上是T,而我的测序显示为C。但是我的3RACE测序与已发表的CDS序列是一致的,这里附上测序结果,望大家相助,看我该如何定夺,还是继续在多加测序,不甚感激!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gastrodia

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你看看蛋白的序列有没有变,如果蛋白的序列没有变,碱基出现替换是很正常的,此外RACE拼接的结果序列不正确是很正常的,你可以通过RACE的信息设计扩增cDNA的引物,用高保真酶进行PCR,得到cDNA后克隆测序,以此序列为准,文章上都这样
2楼2009-09-24 20:35:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annwt

木虫 (正式写手)

测序本身也是PCR反应,
建议多测几回,换个测序方向。
3楼2009-09-24 21:17:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
从峰图上可以看出碱基的峰很明显,应该不是测错了或者拼接错了。建议用像如Kod这样的高保真酶重新PCR,测序。
4楼2009-09-26 00:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

695

木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by zhuifeng7000 at 2009-9-26 00:05:
从峰图上可以看出碱基的峰很明显,应该不是测错了或者拼接错了。建议用像如Kod这样的高保真酶重新PCR,测序。

也不是了,我就是这两个碱基的差异,我想我是否可以设计两端引物,再做扩增全长测序验证,我当时用的是Advantage 2 PCR polymerase!
5楼2009-09-26 05:12:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaocy8903

木虫 (知名作家)

好奇:既然已有已发表的CDS为什么还要做RACE?
6楼2009-09-26 08:45:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bioxixi

木虫 (著名写手)

峰图很好,建议另取一个克隆测序,并让测序公司注意这两个地方,测准确点儿
一般RACE的酶应该质量也不错了,要不就换质量更好的酶,或者换个测序公司试试
7楼2009-09-26 09:23:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vickystt

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
如果不用做RACE的试剂盒,用哪种酶的效果会好一点?
8楼2011-03-15 15:34:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 695 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 一志愿985,本科211,0817化学工程与技术319求调剂 +3 Liwangman 2026-03-15 3/150 2026-03-15 18:16 by JourneyLucky
[基金申请] 国自科面上基金字体 +4 iwuli 2026-03-12 5/250 2026-03-15 17:07 by 风云无泪
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +5 SUICHILD 2026-03-12 5/250 2026-03-14 14:53 by jean5056
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 小木虫085600 2026-03-09 12/600 2026-03-14 01:11 by JourneyLucky
[考研] 0703化学一志愿211 总分320求调剂 +5 玛卡巴卡啊哈 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:40 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 293求调剂 +3 世界首富 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:27 by JourneyLucky
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂(食品/专硕) +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
[考研] 341求调剂 +4 捣蛋猪猪 2026-03-11 4/200 2026-03-12 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子!
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
[考研] 0703化学调剂 +3 三dd. 2026-03-10 3/150 2026-03-10 15:45 by peike
[考研] 294 英二数二物化 求调剂 +6 米饭团不好吃 2026-03-09 6/300 2026-03-09 23:55 by barlinike
信息提示
请填处理意见