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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 测序关于碱基的确定
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木虫 (职业作家)

[交流] 测序关于碱基的确定 已有1人参与

现在我的RACE基本就快确定了，序列也拼接的差不多了，但是现在遇到两个碱基差异的问题，还望有经验的虫友多多指教！

具体问题是，在我的overlapping fragment上，有两个碱基与我的5RACE产物测序不一致，具体表现在1.多出了一个碱基C；2.原有CDS序列上是T，而我的测序显示为C。但是我的3RACE测序与已发表的CDS序列是一致的，这里附上测序结果，望大家相助，看我该如何定夺，还是继续在多加测序，不甚感激！
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1楼 2009-09-24 20:14:45
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vickystt

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
如果不用做RACE的试剂盒，用哪种酶的效果会好一点？
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8楼2011-03-15 15:34:35
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你看看蛋白的序列有没有变，如果蛋白的序列没有变，碱基出现替换是很正常的，此外RACE拼接的结果序列不正确是很正常的，你可以通过RACE的信息设计扩增cDNA的引物，用高保真酶进行PCR，得到cDNA后克隆测序，以此序列为准，文章上都这样
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2楼2009-09-24 20:35:43
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annwt

木虫 (正式写手)
测序本身也是PCR反应，
建议多测几回，换个测序方向。
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3楼2009-09-24 21:17:51
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
从峰图上可以看出碱基的峰很明显，应该不是测错了或者拼接错了。建议用像如Kod这样的高保真酶重新PCR，测序。
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4楼2009-09-26 00:05:14
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