24小时热门版块排行榜    

查看: 2030  |  回复: 7

maxwell1988

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于PCR产物的突变 已有4人参与

我是个刚进入分子克隆实验的菜鸟。前段时间刚从外周血细胞中提取了其总RNA,再进行RT-PCR逆转录成cDNA。以该cDNA作为模板,进行常规的PCR。之后就是简单的割胶回收,TA克隆。
   送去测序后,连续几次得到的结果都是在目的基因序列的3'端大概9个碱基处,多了一个同样的一个碱基。
   如果是突变,那么为什么会在同样的地方出现同样的情况?如果是模板的问题,为什么以该模板做的其他PCR产物拿去测序却完全正确?会不会是TA克隆出了什么问题?请高手们多多指教!
回复此楼
perfectpig向前冲!别犹豫!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

won7

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
silicare(金币+1):谢谢参与 2010-12-06 12:13:01
不太明白,你怎么确定哪个位置是一个突变,而不是真实的碱基呢?尽管PCR因为酶的问题会有错配,但几次PCR、测序都是相同的话,应该可以确定是真实碱基了,但是如果你是用同样的克隆,测序几次,都相同就没有什么问题,说明测序没有问题。

[ Last edited by won7 on 2010-12-6 at 11:17 ]
2楼2010-12-06 11:15:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ben1147

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
靠末端那么近,多个克隆又都一样,是不是引物上的突变啊
3楼2010-12-06 12:22:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainwander

铁杆木虫 (知名作家)

优秀版主

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):热心版版,good 2010-12-06 15:52:11
看一看是不是3短的引物设计本身有没有问题,或者是合成回来的引物有突变?!
千万不要因为走的太久,而忘记了我们为什么出发~~~~~~ForDream~~~~~~
4楼2010-12-06 13:49:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maxwell1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-12-06 11:15:47:
不太明白,你怎么确定哪个位置是一个突变,而不是真实的碱基呢?尽管PCR因为酶的问题会有错配,但几次PCR、测序都是相同的话,应该可以确定是真实碱基了,但是如果你是用同样的克隆,测序几次,都相同就没有什么问 ...

因为测序结果会跟NCBI公布的序列进行比对啊,呵呵,那样就很容易看出来什么地方多了碱基,什么地方少了或是突变了
perfectpig向前冲!别犹豫!
5楼2010-12-06 15:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maxwell1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-12-06 12:22:20:
靠末端那么近,多个克隆又都一样,是不是引物上的突变啊

一语惊醒梦中人啊!我重新设计了下游引物,静待结果!谢谢您的提醒!
perfectpig向前冲!别犹豫!
6楼2010-12-06 15:26:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maxwell1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by rainwander at 2010-12-06 13:49:28:
看一看是不是3短的引物设计本身有没有问题,或者是合成回来的引物有突变?!

我猜十有八九就是引物的问题了,测了好几次,都是在引物范围内碱基出了问题!引物公司害人啊,浪费了我一个半月的时间!
perfectpig向前冲!别犹豫!
7楼2010-12-06 15:27:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainwander

铁杆木虫 (知名作家)

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by maxwell1988 at 2010-12-06 15:27:40:

我猜十有八九就是引物的问题了,测了好几次,都是在引物范围内碱基出了问题!引物公司害人啊,浪费了我一个半月的时间!

有这种可能,我就遇到过一次,是把引物合成错了一个碱基,老悲剧了。但是这种情况发生的概率比较低的。
千万不要因为走的太久,而忘记了我们为什么出发~~~~~~ForDream~~~~~~
8楼2010-12-06 16:35:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 maxwell1988 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +3 scalable 2026-08-24 3/150 2026-08-24 15:02 by arzu_hma
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 我面上完蛋了 +8 且听虎啸 2026-08-20 9/450 2026-08-24 13:52 by zzuzxg
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +12 kulium 2026-08-21 15/750 2026-08-24 12:02 by iaeyuan
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见