应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 兼并引物 里边有多个兼并碱基好吗？
252/3返回列表上一页123下一页
查看: 3114  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by char0523 at 2012-04-17 15:42:20:
一条兼并引物里不要超过2个碱基，不然扩增起来比较麻烦，不特异，3’端后十个碱基最好不要兼并。楼主设计的引物勉强可用！


PS：应助是啥？？？

恩，那就试一下吧， 希望能扩出目的片段来，谢谢
赞一下 回复此楼
心，是用来使用的，不能搁浅！
11楼2012-04-17 19:20:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by char0523 at 2012-04-17 15:42:20:
一条兼并引物里不要超过2个碱基，不然扩增起来比较麻烦，不特异，3’端后十个碱基最好不要兼并。楼主设计的引物勉强可用！


PS：应助是啥？？？

怎么说我是铜虫，没法给你分啊，不好意了！
赞一下 回复此楼
心，是用来使用的，不能搁浅！
12楼2012-04-17 19:22:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by love_st at 2012-04-17 10:11:07:
大哥，没看到你上面有简并的地方啊

红色的k r b这些不是兼并碱基吗？
赞一下 回复此楼
心，是用来使用的，不能搁浅！
13楼2012-04-17 19:26:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小猫三两只 at 2012-04-17 18:16:14:
上游引物看起来挺好，但下游引物不太好，其一两个兼并碱基连着应该不太好吧，可在密码子偏好性网站上查一下该物种的偏好密码子（http://www.kazusa.or.jp/codon/），或者你把下游引物设成几条以降低碱并度，另外引 ...

恩，是啊，3端最好不要有A，不过我不明白，为什么不能有A，你能给我说说嘛，谢谢
赞一下 回复此楼
心，是用来使用的，不能搁浅！
14楼2012-04-17 19:29:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang7311
祝福
15楼2012-04-17 19:45:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XI4ZHL

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by zhang7311 at 2012-04-17 19:45:26:
祝福

谢谢
回复此楼
心，是用来使用的，不能搁浅！
16楼2012-04-17 21:29:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AnaSequence

金虫 (小有名气)
我通常会BLAST找很多序列来寻找保守区,因而,很难找到简并度低的引物.不过,适当的位置会只参考最接近目的物种的序列来选择猜测碱基.由于简并性,什么二级结构,引物二聚体等,都不考虑那么严格,更不用说3`末端用A这样的细节.由于其中一条引物确切性比较高,另一条简并度高的引物即使错误扩增,也没有别人用随机引物那么厉害,至少得到相似大小的非目的片段的机会少很多.引物偏短少许,可以在5`端加猜测性非简并碱基.后面的关键在于退火温度的摸索了.
赞一下 回复此楼
17楼2012-04-18 00:20:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小猫三两只

金虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by XI4ZHL at 2012-04-17 19:29:13:
恩，是啊，3端最好不要有A，不过我不明白，为什么不能有A，你能给我说说嘛，谢谢

引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。
但这种情况也不是绝对的，如果引物设计的好的话，3端有A也没有问题的
赞一下 回复此楼
18楼2012-04-18 09:19:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjs713

至尊木虫 (职业作家)
你的下游引物兼并得太多了吧

我们这边设计这个的原则是不超过3个，并且不连续出现
赞一下 回复此楼
勤奋、执着、专注，则无坚不破。
19楼2012-04-18 10:43:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)
我觉得引物短了点，而且还有兼并引物，可能会多少影响扩增的专一性，另外，我个人认为下游引物3‘末端应以G/C结尾可能扩增的专一性会略有上升（可能GC或CG较好），因为引物较短，可能这样作用还稍大些。

我现在的课题侧重结构生物学和系统生物学，分子生物学的东东有时间没有做了，只是无聊吐槽，楼主和看官们表生气。
赞一下 回复此楼
20楼2012-04-20 00:52:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 XI4ZHL 的主题更新
252/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +12 enenenhui 2026-03-13 13/650 2026-03-16 08:30 by Linda Hu
[考研] 化学调剂0703 +7 啊我我的 2026-03-11 7/350 2026-03-15 23:03 by 凌千颂111
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 一志愿华中农业大学071010，总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +6 柴郡猫_ 2026-03-12 6/300 2026-03-13 20:46 by hmn_wj
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 332求调剂 +3 Zz版 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:36 by 18595523086
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 282分材料专业求调剂院校 +18 枫桥ZL 2026-03-09 25/1250 2026-03-13 10:47 by 白夜悠长
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 08食品或轻工求调剂，本科发表3篇sci一区top论文，一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵， 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀！ 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭