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XI4ZHL

铜虫 (著名写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 111
散金: 521
红花: 3
沙发: 1
帖子: 1343
在线: 110.7小时
虫号: 1348827
注册: 2011-07-18
性别: GG
专业: 动物遗传学

[求助] 兼并引物里边有多个兼并碱基好吗？

这是我设计的兼并引物，大家给看看这样行吗？谢谢，给点意见就给分，谢谢
上游：AATTCARCACCCAACAGC
下游：TTTBGKRAGRGCATCTAA
欢迎大家参与，参与有礼，谢绝纯表！

[ Last edited by XI4ZHL on 2012-4-17 at 10:10 ]

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心，是用来使用的，不能搁浅！

1楼 2012-04-17 10:08:53

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AnaSequence

金虫 (小有名气)

应助: 13 (小学生)
金币: 593.3
散金: 4
帖子: 120
在线: 58.5小时
虫号: 1549759
注册: 2011-12-24
专业: 生物信息学

我通常会BLAST找很多序列来寻找保守区,因而,很难找到简并度低的引物.不过,适当的位置会只参考最接近目的物种的序列来选择猜测碱基.由于简并性,什么二级结构,引物二聚体等,都不考虑那么严格,更不用说3`末端用A这样的细节.由于其中一条引物确切性比较高,另一条简并度高的引物即使错误扩增,也没有别人用随机引物那么厉害,至少得到相似大小的非目的片段的机会少很多.引物偏短少许,可以在5`端加猜测性非简并碱基.后面的关键在于退火温度的摸索了.