应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树
101/1返回列表
查看: 2471  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vs570588

木虫 (正式写手)

[求助] 关于怎样建立基因文库，并通过文库建系统发育树

我的问题，用污泥驯化富集可以降解某种特定污染物的混合菌，现在要分析微生物菌落结构。想通过建立基因文库。来建立系统发育树。原来的方法是做DGGE,再进行克隆，测序。发现大量外文文献里，很少做DGGE,普遍方法是，做完PCR后，就纯化，克隆，测序，不过测序量十分大。我是个初学者，希望大家能提供详细的过程。另外大家能评价下，DGGE后的克隆测序做系统发育树和直接PCR后克隆测序用啥区别？当然引物用一样的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-10 16:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
顶顶把
回复此楼
2楼2011-06-11 13:40:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wozha

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同问，利用
RFLP是否更好些
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-13 15:35:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
我在顶顶。
回复此楼
4楼2011-06-13 20:35:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

vs570588(金币+2): 谢谢你 2011-06-14 22:13:44
vs570588(金币+1): 谢谢你了 2011-06-21 16:00:56
vs570588(金币+2): 2011-08-19 21:16:59
简单地说，DGGE灵敏度比较低，只能检测到群落中占优势的菌群，克隆建库灵敏度相对较高，打个比方，你用DGGE仅检测到10种菌，而克隆建库可能检测到100种菌.克隆建库的具体方法，你可以下载几篇做微生物群落结构和多样性的毕业论文看看，不再详述。
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-14 20:51:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也想做这方面的内容
赞一下 回复此楼
6楼2011-06-14 23:48:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木木木虫

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-12-02 10:10:59
引用回帖:
Originally posted by 小木木木虫 at 2011-06-14 23:48:55:
我也想做这方面的内容

刚才点错键直接发送了
但我做的是DGGE
想问下LZ为什么不用DGGE了呢
难道有什么缺陷吗
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-06-14 23:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vs570588

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 小木木木虫 at 2011-06-14 23:49:48:
刚才点错键直接发送了
但我做的是DGGE
想问下LZ为什么不用DGGE了呢
难道有什么缺陷吗

DGGE可以观察到微生物群落多样性，以及演变过程。当然，这种演变也就是群落中里的优势菌。并且片段长度只能为500bp之下。假如我的目的是要建立系统发育树的话，有时候短片段的就没有办法在GENBANK中找到相似度很高的已知菌。这只是我的拙见。
赞一下 回复此楼
8楼2011-06-15 12:36:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
zhang8826857(金币+5): 鼓励新虫，加油哦 2011-12-02 10:11:14
我也做这方面的。自己的理解是：真接用pcr产物构建克隆文库，需要大量随机挑取单克隆，至少50个。DGGE当目的基因500以上分离较果就很不好了。但如果用DGGE分好条带后再建克隆文库，可以节省一些工作量？RFLP没作过，如果原理是和T-RFLP相同，那么大概不能在GENEBANK中检索相近序列吧。新手拙见，请批评指正。
赞一下(1人) 回复此楼
要学会生物统计
9楼2011-12-02 00:09:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangjingwjs

新虫 (小有名气)
请问楼主，我已经提取了土壤微生物组织的ＤＮＡ，如何构建文库呢？
赞一下 回复此楼
10楼2015-11-02 22:57:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员BmWXvC 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-24 21:59 by BZKMTicpDhFj
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 5/250 2026-08-24 21:51 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 人气不行了 +10 fansofjerry 2026-08-21 10/500 2026-08-24 21:03 by zhanghaozhu
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭